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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » PEG修饰多肽进行动力学模拟，如何添加适于PEG模拟的GROMACS力场文件
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gsaac

木虫 (小有名气)

[求助] PEG修饰多肽进行动力学模拟，如何添加适于PEG模拟的GROMACS力场文件 已有2人参与

现在需要进行PEG修饰的十八肽的分子动力学模拟，文献中PEG修饰蛋白质的分子动力学模拟是通过GROMACS进行的，文中提到在GROMACS力场文件中添加了PEG的残基名及电荷等，但未说明具体是怎么做的。本人并不是做分子模拟的，但实验急需，还望各位大神给予指导和帮助，非常感谢！
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1楼 2015-05-08 23:26:13
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awaken2013

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
gsaac: 金币+20, ★★★很有帮助 2015-05-12 09:26:36
你的PEG是什么，如果是GROMOS力场，就用ATB服务器生成，最后在top中include itp文件。
如果是AMBER力场，就用高斯09优化，再用antechamber转换为对应的grimaces的itp文件，include 到 top中。
如果是非标准氨基酸，请参考gromacs官网中如何添加非标准氨基酸的方式修改力场。最后直接pdb2gmx就能生成对应的top和gro。
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2楼2015-05-12 00:18:28
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gsaac

木虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by awaken2013 at 2015-05-12 00:18:28
你的PEG是什么，如果是GROMOS力场，就用ATB服务器生成，最后在top中include itp文件。
如果是AMBER力场，就用高斯09优化，再用antechamber转换为对应的grimaces的itp文件，include 到 top中。
如果是非标准氨基酸 ...

非常感谢！
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3楼2015-05-12 09:23:36
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声梦奇缘001

木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by awaken2013 at 2015-05-12 00:18:28
你的PEG是什么，如果是GROMOS力场，就用ATB服务器生成，最后在top中include itp文件。
如果是AMBER力场，就用高斯09优化，再用antechamber转换为对应的grimaces的itp文件，include 到 top中。
如果是非标准氨基酸 ...

总结的很好，可以在加上 prodrg 这个网站优化的力场
赞一下 回复此楼
只做不说，明知没地位，坚信有机会
4楼2015-05-12 09:45:59
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MHSW

禁言 (正式写手)
本帖内容被屏蔽
5楼2015-09-22 20:01:37
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hongyexi

木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by awaken2013 at 2015-05-12 00:18:28
你的PEG是什么，如果是GROMOS力场，就用ATB服务器生成，最后在top中include itp文件。
如果是AMBER力场，就用高斯09优化，再用antechamber转换为对应的grimaces的itp文件，include 到 top中。
如果是非标准氨基酸 ...

壳聚糖也可以用这种方式来处理吗？
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6楼2015-09-23 16:34:04
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awaken2013

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by hongyexi at 2015-09-23 16:34:04
壳聚糖也可以用这种方式来处理吗？...

可以
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7楼2015-09-23 19:27:24
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hongyexi

木虫 (正式写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by awaken2013 at 2015-09-23 19:27:24
可以...

谢谢

发自小木虫Android客户端
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8楼2015-09-23 21:06:58
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