24小时热门版块排行榜

返回列表

当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

gsaac

木虫 (小有名气)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 2808
帖子: 157
在线: 64.7小时
虫号: 2670379
注册: 2013-09-22
专业: 生物信息学

[求助] PEG修饰多肽进行动力学模拟，如何添加适于PEG模拟的GROMACS力场文件已有2人参与

现在需要进行PEG修饰的十八肽的分子动力学模拟，文献中PEG修饰蛋白质的分子动力学模拟是通过GROMACS进行的，文中提到在GROMACS力场文件中添加了PEG的残基名及电荷等，但未说明具体是怎么做的。本人并不是做分子模拟的，但实验急需，还望各位大神给予指导和帮助，非常感谢！

回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

xuexijisuan

» 猜你喜欢

2025年遐想已经有4人回复
自荐读博已经有9人回复
投稿Elsevier的杂志（返修），总是在选择OA和subscription界面被踢皮球已经有8人回复
自然科学基金委宣布启动申请书“瘦身提质”行动已经有4人回复
求个博导看看已经有18人回复

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

gromacs进行分子模拟时，pdb2gmx不认识小分子残基，怎么办，以及如何导入糖的力场已经有8人回复
环己烷在gromacs中的gromos45a3力场中的itp文件怎么写？已经有12人回复
Gromacs中添加CHARMM力场已经有41人回复
Gromacs粗粒化力场（自己写）已经有11人回复
离子液体模拟：如何从别的软件移植力场到Gromacs（itp文件的含义以及如何写itp文件）已经有4人回复
gromacs 添加新的力场pdb2gmx报错已经有5人回复
gromacs oplsaa 力场中的原子类型已经有6人回复
求Gromacs中Glycam力场数据包。。非常感谢已经有5人回复
【转帖】GROMACS分析程序讨论，在gromacs中添加Amber力场已经有8人回复

1楼 2015-05-08 23:26:13

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

awaken2013

铜虫 (小有名气)

模拟EPI: 2
应助: 26 (小学生)
金币: 137.9
红花: 15
帖子: 243
在线: 149.6小时
虫号: 2854550
注册: 2013-12-07
性别: GG
专业: 生物大分子结构与功能

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
gsaac: 金币+20, ★★★很有帮助 2015-05-12 09:26:36

你的PEG是什么，如果是GROMOS力场，就用ATB服务器生成，最后在top中include itp文件。
如果是AMBER力场，就用高斯09优化，再用antechamber转换为对应的grimaces的itp文件，include 到 top中。
如果是非标准氨基酸，请参考gromacs官网中如何添加非标准氨基酸的方式修改力场。最后直接pdb2gmx就能生成对应的top和gro。