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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 如何确定基因全长
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pengqi

金虫 (初入文坛)

[求助] 如何确定基因全长 已有2人参与

求各位大神指点：
      
       本人目前已通过RACE克隆到该基因，但是不知道如何确定是否拿到该基因的全长序列。
      
       主要问题是现在不知如何确定RACE结果是否达到了3‘和5’的顶端，以及3‘UTR和5’UTR部分如何确定。
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坚持到底
1楼 2015-04-23 15:55:30
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happy_520

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 墨尔本机器 at 2015-04-23 16:50:52
这个主要是通过Blast比对了，5UTR没有绝对的完整，比对不差太多都可以的，不必较真。3UTR一定要看到polyA。当然，自己的ORF一定要完整

ORF BLAST比对是完整的，3‘端测序结果也有polyA，可是老师非要确定3'和5’UTR部分
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4楼2015-04-23 19:17:30
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墨尔本机器

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
这个主要是通过Blast比对了，5UTR没有绝对的完整，比对不差太多都可以的，不必较真。3UTR一定要看到polyA。当然，自己的ORF一定要完整
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2楼2015-04-23 16:50:52
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lxj341401

至尊木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
ORF完整，BLAST分析是你要的序列，不用管3‘UTR和5’UTR是否完整。
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3楼2015-04-23 17:24:56
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墨尔本机器

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
4楼: Originally posted by happy_520 at 2015-04-23 19:17:30
ORF BLAST比对是完整的，3‘端测序结果也有polyA，可是老师非要确定3'和5’UTR部分...

你通过比对告诉他完整就好了啊。
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5楼2015-04-24 10:12:23
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