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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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liumei0535

金虫 (小有名气)

[求助] iTRAQ结果中未知蛋白数量很多,如何解决 已有1人参与

各位大侠,我用itraq的方法做了蛋白质组,但是未知蛋白数量很多,有没有解决办法啊?希望有高手指点啊,谢谢!
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小小逍遥人

金虫 (正式写手)

张斌猪

未知蛋白一般与数据库有关,数据库注释程度低,未知蛋白的占比就会比较高。可以通过GO注释解决。麻烦把项目号告诉我,我先帮你看下数据。
生命还需要奇迹来衬托
2楼2015-04-29 15:30:15
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liumei0535

金虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 小小逍遥人 at 2015-04-29 15:30:15
未知蛋白一般与数据库有关,数据库注释程度低,未知蛋白的占比就会比较高。可以通过GO注释解决。麻烦把项目号告诉我,我先帮你看下数据。

不好意思,最近有些忙,很久没有上小木虫,您说的项目号是指什么?我重新换了一个库进行搜索,比之前要好一些,但是我想换一个更大的库,技术说那样假阳性的可能会更大,不建议我那样做,您觉得他说的有道理么?
3楼2015-05-20 08:39:01
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馒头爱生物

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

1.可以用blast批处理,看看与其它物种中哪些已知蛋白相近
2.可以更换数据库,重新搜索

方法1的效率会比较高
4楼2015-06-29 14:29:49
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