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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 蛋白/酶 » iTRAQ结果中未知蛋白数量很多，如何解决
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liumei0535

金虫 (小有名气)

[求助] iTRAQ结果中未知蛋白数量很多，如何解决 已有1人参与

各位大侠，我用itraq的方法做了蛋白质组，但是未知蛋白数量很多，有没有解决办法啊？希望有高手指点啊，谢谢！
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1楼 2015-04-21 10:37:45
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小小逍遥人

金虫 (正式写手)

张斌猪
未知蛋白一般与数据库有关，数据库注释程度低，未知蛋白的占比就会比较高。可以通过GO注释解决。麻烦把项目号告诉我，我先帮你看下数据。
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生命还需要奇迹来衬托
2楼2015-04-29 15:30:15
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liumei0535

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 小小逍遥人 at 2015-04-29 15:30:15
未知蛋白一般与数据库有关，数据库注释程度低，未知蛋白的占比就会比较高。可以通过GO注释解决。麻烦把项目号告诉我，我先帮你看下数据。

不好意思，最近有些忙，很久没有上小木虫，您说的项目号是指什么？我重新换了一个库进行搜索，比之前要好一些，但是我想换一个更大的库，技术说那样假阳性的可能会更大，不建议我那样做，您觉得他说的有道理么？
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3楼2015-05-20 08:39:01
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馒头爱生物

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

1.可以用blast批处理，看看与其它物种中哪些已知蛋白相近
2.可以更换数据库，重新搜索

方法1的效率会比较高
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4楼2015-06-29 14:29:49
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