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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » itraq结果中两次技术重复不一致的结果该如何处理？
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grape_vine

金虫 (小有名气)

[求助] itraq结果中两次技术重复不一致的结果该如何处理？

求助：
itraq两个样品做了正反标，结果中有两次技术重复不一致的基因，比如说在一套标记中显示这个基因在处理后显著上调，但是在另一套标记中却显示无显著差异的上调，或者是无显著差异的下调，碰到这种结果应该怎么处理呢？ 我是应该相信软件给出的显著性差异的那个结果而忽略另一个套标记系统中不显著的结果，还是应该综合考虑两次技术重复的结果，只取其相互吻合的部分阿？
求高手指点！

[ Last edited by grape_vine on 2013-9-5 at 15:15 ]
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1楼 2013-09-04 08:58:05
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grape_vine

金虫 (小有名气)
咋没人回复呢? 求高手指点阿!
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2楼2013-09-05 15:16:05
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wangy0908

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
grape_vine: 金币+5, ★有帮助 2013-09-08 20:51:51
我现在也是在做这块的实验，其中也有很多的疑惑的，不是很清楚！不过我没有做重复的，所以没有涉及到这个问题！但是想问一个问题就是，这个比值要达到什么程度才能判断他上调或者是下调呢（我初步取的是大于1.3或者小于0.7的，这样取是不是合理的呢）？如果P值不明显，但是又是差异表达的，这样将其去掉，很有可能将目标蛋白去掉，所以这样的判断该如何来定呢？还望赐教的哈！谢谢
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3楼2013-09-07 17:58:43
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yimingwang

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
grape_vine: 金币+15, ★★★很有帮助 2013-09-08 20:50:42
看文献，一般的是以fold>2,p<0.05为依据。但是因为样品不一致，fold可以根据需要调整，但是至少要说明你这样取值的一个基本依据。其次，要是发论文，iTRAQ一次结果不可信，至少要求两次重复。对于两次有差别的问题，需要用统计学方法处理，要求两次试验可重复的数据才可用。否则，数据不可信。
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Let'sdoit.
4楼2013-09-07 23:48:47
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grape_vine

金虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by wangy0908 at 2013-09-07 17:58:43
我现在也是在做这块的实验，其中也有很多的疑惑的，不是很清楚！不过我没有做重复的，所以没有涉及到这个问题！但是想问一个问题就是，这个比值要达到什么程度才能判断他上调或者是下调呢（我初步取的是大于1.3或者 ...

这个我也想知道阿!
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5楼2013-09-08 20:51:18
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grape_vine

金虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by yimingwang at 2013-09-07 23:48:47
看文献，一般的是以fold>2,p<0.05为依据。但是因为样品不一致，fold可以根据需要调整，但是至少要说明你这样取值的一个基本依据。其次，要是发论文，iTRAQ一次结果不可信，至少要求两次重复。对于两次有差别的 ...

多谢!看来还得看文献阿!
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6楼2013-09-09 12:37:08
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