应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 专家会诊 » 各分子动力学软件的相同和不同点比较与分析。
11/1返回列表
查看: 2550  |  回复: 2
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
本帖产生 1 个 模拟EPI ，点击这里进行查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

lsloneil

专家顾问 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
abinitio: 金币+10, 模拟EPI+1, 很好的经验分享，对新入手虫友很有帮助。 2015-04-21 07:36:03
详细列表在这里：http://en.wikipedia.org/wiki/Lis ... _mechanics_modeling

扯点自己看法。比较主流的几个软件是AMBER, CHARMM, gromacs, LAMMPS, DL_POLY, NAMD, TINKER, Desmond, cp2k, material studio也算，但因为源代码不开放，专业人士用的不多。

免费的几个是gromacs, LAMMPS, DL_POLY, NAMD, TINKER, cp2k, Desmond（仅对学术界）。

理论上来讲，只要是平衡态的MD模拟，任何软件都可以做。但每个软件在各自的发展过程中，开发者往里面添加了适合一些特定体系模拟和分析的功能以方便后人，所以每个软件都有自己的特长。仅根据我个人的了解，AMBER, CHARMM, NAMD用来模拟生物体系是极其强大的，LAMMPS有很多功能适合研究传热和材料力学性质，DL_POLY适合界面体系，TINKER里面自带极化力场，cp2k适合ab initio MD。

就速度而言，gromacs和NAMD应该是相当快的，如果考虑GPU加速，NAMD，AMBER和gromacs的GPU优化做得是非常好的。

就上手容易程度而言，很多人觉得gromacs最容易上手。
以上只是我个人一点了解，你在网上搜索MD软件的对比应该可以获得更多信息。
赞一下(3人) 回复此楼
3楼2015-04-21 05:21:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

智能机器人

Robot (super robot)

我们都爱小木虫

找到一些相关的精华帖子，希望有用哦~

科研从小木虫开始，人人为我，我为人人
相关版块跳转 我要订阅楼主 lianggreen 的主题更新
11/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭