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长大小慧慧

新虫 (小有名气)

[求助] 求助如何分析动力学学后的结果 已有3人参与

我做的是聚合物和氧化物的界面模型,用的Discover中的Dynamics跑的动力学,最后得到了能量图和温度图,这些图如何分析啊?
此外,我跑完动力学后,分别计算了各自的能量,最后计算得到了相互作用能,我想知道计算得到的这些能量值如何分析,不同温度下得到的能量如何做对比?望高人指点。
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月只蓝

主管区长 (职业作家)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
根据你MD计算的目的,模仿相关文献。
MATLAB、MS小问题、普通问题请发帖求助!时间精力有限,恕不接受无偿私信求助。
2楼2014-11-04 14:44:35
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smutao

禁虫 (著名写手)

感谢参与,应助指数 +1
本帖内容被屏蔽

3楼2014-11-05 01:36:28
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abinitio

版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
应该是确定要算什么,然后再设置参数和输出选项,而不是算完从结果中找出什么,楼主的程序似乎反了
4楼2014-11-05 08:12:18
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夏陌86℃

金虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by smutao at 2014-11-05 01:36:28
可以使用amber力場裏面的cpptraj程序做成套分析

冒昧的请教您一个问题:
我做的是有机分子在金属表面的吸附,用discover--minimize后进行dynamic总是会失败,结果中会出现:
Error: Dynamic: Energy differennce between successive steps in dynamic is greater than the user defined variable DEVIATION   .....
可是我把 Energy的值增大了很多,还是会出现,想请教一下原因?期待您的回复
5楼2014-11-10 16:50:39
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wjj318

金虫 (小有名气)

我是用gulp模块。。
6楼2015-05-16 10:31:18
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czj1019

禁虫 (著名写手)

本帖内容被屏蔽

7楼2015-08-06 18:43:44
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