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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 求助如何分析动力学学后的结果
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长大小慧慧

新虫 (小有名气)

[求助] 求助如何分析动力学学后的结果已有3人参与

我做的是聚合物和氧化物的界面模型，用的Discover中的Dynamics跑的动力学，最后得到了能量图和温度图，这些图如何分析啊？
此外，我跑完动力学后，分别计算了各自的能量，最后计算得到了相互作用能，我想知道计算得到的这些能量值如何分析，不同温度下得到的能量如何做对比？望高人指点。
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1楼2014-11-04 10:54:15
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abinitio

版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
应该是确定要算什么，然后再设置参数和输出选项，而不是算完从结果中找出什么，楼主的程序似乎反了
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4楼2014-11-05 08:12:18
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月只蓝

主管区长 (职业作家)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
根据你MD计算的目的，模仿相关文献。
赞一下(1人) 回复此楼
MATLAB、MS小问题、普通问题请发帖求助！时间精力有限，恕不接受无偿私信求助。
2楼2014-11-04 14:44:35
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smutao

禁虫 (著名写手)
感谢参与，应助指数 +1
本帖内容被屏蔽
3楼2014-11-05 01:36:28
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夏陌86℃

金虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by smutao at 2014-11-05 01:36:28
可以使用amber力場裏面的cpptraj程序做成套分析

冒昧的请教您一个问题：
我做的是有机分子在金属表面的吸附，用discover--minimize后进行dynamic总是会失败，结果中会出现：
Error: Dynamic: Energy differennce between successive steps in dynamic is greater than the user defined variable DEVIATION   .....
可是我把 Energy的值增大了很多，还是会出现，想请教一下原因？期待您的回复
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5楼2014-11-10 16:50:39
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