应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 专家会诊 » 各分子动力学软件的相同和不同点比较与分析。
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
51/1返回列表
查看: 2424  |  回复: 2
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
本帖产生 1 个 模拟EPI ，点击这里进行查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

lianggreen

木虫 (著名写手)

[交流] 各分子动力学软件的相同和不同点比较与分析。 已有2人参与

目前有许多不同的分子动力学软件，他们在有些方面有自己的特色，可用于不同要求的分子动力学模拟，有哪位大师帮忙总结一下他们的相同和不同点吗？

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
学术与教育，相辅相成。
1楼 2015-04-20 15:56:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lsloneil

专家顾问 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
abinitio: 金币+10, 模拟EPI+1, 很好的经验分享，对新入手虫友很有帮助。 2015-04-21 07:36:03
详细列表在这里：http://en.wikipedia.org/wiki/Lis ... _mechanics_modeling

扯点自己看法。比较主流的几个软件是AMBER, CHARMM, gromacs, LAMMPS, DL_POLY, NAMD, TINKER, Desmond, cp2k, material studio也算，但因为源代码不开放，专业人士用的不多。

免费的几个是gromacs, LAMMPS, DL_POLY, NAMD, TINKER, cp2k, Desmond（仅对学术界）。

理论上来讲，只要是平衡态的MD模拟，任何软件都可以做。但每个软件在各自的发展过程中，开发者往里面添加了适合一些特定体系模拟和分析的功能以方便后人，所以每个软件都有自己的特长。仅根据我个人的了解，AMBER, CHARMM, NAMD用来模拟生物体系是极其强大的，LAMMPS有很多功能适合研究传热和材料力学性质，DL_POLY适合界面体系，TINKER里面自带极化力场，cp2k适合ab initio MD。

就速度而言，gromacs和NAMD应该是相当快的，如果考虑GPU加速，NAMD，AMBER和gromacs的GPU优化做得是非常好的。

就上手容易程度而言，很多人觉得gromacs最容易上手。
以上只是我个人一点了解，你在网上搜索MD软件的对比应该可以获得更多信息。
赞一下(3人) 回复此楼
3楼2015-04-21 05:21:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 3 个回答

pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪
★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
abinitio: 金币+2, 感谢精彩应助！ 2015-04-21 07:35:12
我了解的分子动力学软件是分2种，基于力场和基于第一性原理的

第一性原理的限制比较少，只要你服务器配置够好，不嫌弃速度慢

基于力场的很多，forcite，discover，gulp，lammps等

大多数情况都是挑基于力场的，因为计算速度快，至于选哪种看软件支持力场的情况，比如算合金类的一般挑gulp或者lammps，因为支持eam势函数
赞一下(1人) 回复此楼
#有问题发论坛，不接受私聊#爱晶体，爱MaterialsStudio#MS专辑点击右边#http://emuch.net/taotie/41673.html#物性数据#http://webbook.nist.gov/chemistry/#
2楼2015-04-20 16:21:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 3 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 318求调剂 +3 笃行致远. 2026-03-31 3/150 2026-03-31 20:27 by 求调剂zz
[考研] 一志愿南师大0703化学 275求调剂 +5 Ripcord上岸 2026-03-27 5/250 2026-03-31 19:52 by mg1014
[考研] 070300化学求调剂 +12 小黄鸭宝 2026-03-30 12/600 2026-03-31 19:15 by 253863592
[考研] 304求调剂 +8 素年祭语 2026-03-31 11/550 2026-03-31 18:20 by 无际的草原
[考研] 070300化学354求调剂 +15 101次希望 2026-03-28 15/750 2026-03-31 17:58 by jp9609
[考研] 考研生物与医药调剂 +6 铁憨憨123425 2026-03-31 6/300 2026-03-31 17:48 by 544594351
[考研] 285求调剂 +6 AZMK 2026-03-30 11/550 2026-03-31 17:33 by AZMK
[考研] 生医工0831调剂求推荐 +4 小熊睿睿_s 2026-03-27 6/300 2026-03-31 17:12 by 记事本2026
[考研] 085601材料工程找调剂 +17 oatmealR 2026-03-29 18/900 2026-03-30 19:21 by Wang200018
[有机交流] 考研调剂 +8 watb 2026-03-26 8/400 2026-03-30 18:40 by 544594351
[考研] 292求调剂 +13 是妍子也是研子 2026-03-30 13/650 2026-03-30 18:01 by 小徐0109
[考研] 生物技术与工程 +7 1294608413 2026-03-25 8/400 2026-03-30 11:36 by 唐沐儿
[考研] 086000生物与医药调剂 +5 Feisty。 2026-03-28 9/450 2026-03-29 12:02 by longlotian
[考研] 一志愿华理，数一英一285求A区调剂 +8 AZMK 2026-03-25 12/600 2026-03-28 18:15 by AZMK
[考研] 一志愿南京航空航天大学材料学硕求调剂 +3 @taotao 2026-03-28 3/150 2026-03-28 10:26 by JourneyLucky
[考研] 275求调剂 +10 jjjjjjjjjjl 2026-03-27 10/500 2026-03-27 23:47 by barnett0632
[考研] 085600，材料与化工321分，求调剂 +9 大馋小子 2026-03-27 9/450 2026-03-27 14:30 by mmm just
[考研] 081200-11408-276学硕求调剂 +4 崔wj 2026-03-26 4/200 2026-03-27 08:04 by chemisry
[考研] 085602化学工程求调剂。 +4 平乐乐乐 2026-03-26 4/200 2026-03-26 17:57 by fmesaito
[考研] 网络空间安全0839招调剂 +4 w320357296 2026-03-25 6/300 2026-03-25 17:59 by 255671
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭