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lianggreen木虫 (著名写手)
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[交流]
各分子动力学软件的相同和不同点比较与分析。 已有2人参与
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目前有许多不同的分子动力学软件，他们在有些方面有自己的特色，可用于不同要求的分子动力学模拟，有哪位大师帮忙总结一下他们的相同和不同点吗？ [ 发自手机版 http://muchong.com/3g ] |
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lsloneil
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abinitio: 金币+10, 模拟EPI+1, 很好的经验分享，对新入手虫友很有帮助。 2015-04-21 07:36:03
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
abinitio: 金币+10, 模拟EPI+1, 很好的经验分享，对新入手虫友很有帮助。 2015-04-21 07:36:03
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详细列表在这里：http://en.wikipedia.org/wiki/Lis ... _mechanics_modeling 扯点自己看法。比较主流的几个软件是AMBER, CHARMM, gromacs, LAMMPS, DL_POLY, NAMD, TINKER, Desmond, cp2k, material studio也算，但因为源代码不开放，专业人士用的不多。 免费的几个是gromacs, LAMMPS, DL_POLY, NAMD, TINKER, cp2k, Desmond（仅对学术界）。 理论上来讲，只要是平衡态的MD模拟，任何软件都可以做。但每个软件在各自的发展过程中，开发者往里面添加了适合一些特定体系模拟和分析的功能以方便后人，所以每个软件都有自己的特长。仅根据我个人的了解，AMBER, CHARMM, NAMD用来模拟生物体系是极其强大的，LAMMPS有很多功能适合研究传热和材料力学性质，DL_POLY适合界面体系，TINKER里面自带极化力场，cp2k适合ab initio MD。 就速度而言，gromacs和NAMD应该是相当快的，如果考虑GPU加速，NAMD，AMBER和gromacs的GPU优化做得是非常好的。 就上手容易程度而言，很多人觉得gromacs最容易上手。 以上只是我个人一点了解，你在网上搜索MD软件的对比应该可以获得更多信息。 |
3楼2015-04-21 05:21:09
pigrass
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2楼2015-04-20 16:21:43
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