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北京石油化工学院2025年硕士研究生招生接受调剂公告
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无所谓109

银虫 (正式写手)

[求助] vasp计算带电粒子吸附计算的问题已有3人参与

最近想计算带电粒子在催化剂表面的吸附性质,但是看了手册,和坛子里的介绍,发现对于slab模型,对整个体系加入电荷(NELECT控制),好像计算是有问题的....
这个帖子有过说明http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=8266545&fpage=1&target=blank
http://cms.mpi.univie.ac.at/vasp/vasp/FAQ.html最后五段
vasp官方FAQ中也有过解答。

问题:
1、针对slab模型,调节NELECT去结构优化,是不是完全没有意义
      对一个电中性条件下已优化好的结构(CONTCAR_1),其能量为E1,然后对CONTCAR_1加一个电子并结构优化得到带电下的稳定结构(CONTCAR_2),计算CONTCAR_2在电中性下的能量E2,比较E1和E2来说明材料带电对其结构的影响。这样做有没有意义。对于官方教程,我的理解是带电后,会产生一个静电场,使得能量不准。如果我不横向比较能量(比较带电前后),有没有意义  

2、如果给体系(slab)带上一个电子,然后去吸附电中性的小分子,在这种条件下,所有的能量全是建立在带一个电子的基础上,这样比较吸附的过程能量变化有没有意义。

3、最近也看到过 对体系(slab)加电子模拟,在催化剂表面上超氧负离子O2-还原过程,这么做有没有意义

4、仔细分析了一下啊,产生这些问题的原因都是调控NELECT不能精准地把电子加到某个原子上,有没有其他的软件固定原子的所带的电荷?如果有请告知一下。
      PS:曾经在坛子里看到有说改POTCAR中电子的数目,来调控带电,仔细分析,这样做确实可以调节外来带电粒子A-(slab结构总不含A元素)的电荷,并且把电荷局域到A上,但是POTCAR太深奥,不敢改,也就没有试过...有没有哪位试过,或者看到过类似的做法,希望告知。

非计算出身,自学的vasp,对于理论基础把握不到位,请大家指导。

vasp计算带电粒子吸附计算的问题
1.jpg
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卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
franch: 金币+2, 谢谢回帖交流。。。。 2015-03-31 10:18:55
franch: 1ST强帖+1, 应助指数+1, 鼓励交流。。。。 2015-03-31 10:22:58
无所谓109: 金币+20 2015-07-25 20:55:15
VASP那个FAQ第五段似乎给出了方案。
1、不见得没意义,以往无法处理过剩电荷原因是因为单胞内带有电荷会导致库伦发散。现在不少程序允许使用凝胶模型,引入背景电荷与过剩电荷相互作用来克服发散的问题。如果不能够使用凝胶模型,那应该是无法进行计算的。但即便如此,过剩电荷可能会引起体系的两个slab之间出现静电作用,比较合适的做法是足够的真空层(最好也考虑work function的校正)。当然,这样的做法可能多少还是存在一些争议。

2、你指的是Mol(-)+Slab=Mol-Slab(-)?这样应该还是可行的吧。3也类似,前提是都是要符合1中提到的条件。

4、这个问题必须搞清楚原理,化合价只是个经典形式电荷的问题,在量子物理中,电子是离域的,强行使之局域在某个原子根本无意义(由于方法缺陷导致的该局域而不局域又是另外一码事)。

不必调整POTCAR,直接指定NELECT结果原则上应该没什么不同吧。还望进一步讨论。

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不一定挂在论坛,计算问题问题欢迎留言。
2楼2015-03-29 23:45:56
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卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur

引用回帖:
3楼: Originally posted by 无所谓109 at 2015-03-30 16:06:34
谢谢您的解答,现在对这个问题弄明白了些。早上就分析了一下我的结果,把表面静电势导出来看了看。发现加了电子后,我体系两个slab之间确实存在比较明显的静电场的影响。

您提到的work function校正,能不能简要 ...

研究一下IDIPOL相关的关键字,偶极校正的信息论坛能找出来不少。
不一定挂在论坛,计算问题问题欢迎留言。
4楼2015-03-30 18:29:28
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普通回帖

无所谓109

银虫 (正式写手)

送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by 卡开发发 at 2015-03-29 23:45:56
VASP那个FAQ第五段似乎给出了方案。
1、不见得没意义,以往无法处理过剩电荷原因是因为单胞内带有电荷会导致库伦发散。现在不少程序允许使用凝胶模型,引入背景电荷与过剩电荷相互作用来克服发散的问题。如果不能够 ...

谢谢您的解答,现在对这个问题弄明白了些。早上就分析了一下我的结果,把表面静电势导出来看了看。发现加了电子后,我体系两个slab之间确实存在比较明显的静电场的影响。

您提到的work function校正,能不能简要说说校正方法,之前没处理过work function校正,在坛子里也没有找到相关的计算方法。
vasp计算带电粒子吸附计算的问题-1
1.jpg


vasp计算带电粒子吸附计算的问题-2
12.jpg

向金字塔顶攀登
3楼2015-03-30 16:06:34
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无所谓109

银虫 (正式写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 卡开发发 at 2015-03-30 18:29:28
研究一下IDIPOL相关的关键字,偶极校正的信息论坛能找出来不少。...

好的,谢谢您!
向金字塔顶攀登
5楼2015-03-30 19:00:47
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kjsun

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
liliangfang: 金币+2, 辛苦 2015-04-03 07:47:59
无所谓109: 金币+10 2015-07-25 20:55:30
我最近也在研究带电粒子的计算问题。
我发现VASP加电荷不是在体系的最低空轨道加入一个电子,而是在整个空间加入一个背景电荷。(说明书上有相信加入公式)
VASP这么干目的肯定是为了解决一些问题,但是具体什么,我完全不清楚。
但是我测试的结果表明要想用VASP计算带电系统,必须非常非常慎重。
我测试了很多结构,最简单的如  CO2- (就是CO2+1额外电子)
CO2-的结构是非直线型结构,但是VASP优化的结果是直线型。这说明VASP对带电体系的结构优化是不对的。
另外,我的测试结果表明:VASP对带电体系的能量的计算结果也是不对的,至少我测试的那些体系,偏差都极大,完全超出了我的理解范畴。

相应的Gaussian的测试结果则是相对可靠。
6楼2015-04-01 13:50:45
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xyzzz986

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
liliangfang: 金币+2, 谢谢交流 2015-04-03 07:48:05
无所谓109: 金币+10 2015-07-25 20:55:51
我觉得呢,关键是图像要清楚。你要知道为什么要加电荷或者电场,在模型中,电荷和电场应该是什么样子,这样来确认这么做是否能满足你的要求。不然就全无意义了。

vasp应该是说,我按照轨道来处理电子的布局,走到那个能级就到哪个能级,也就是盒子果酱处理。说vasp把电荷作为点电荷的处理方法肯定是不对的。另外盒子果酱处理方法可能更适用于处理那些固体内部的过程吧。
7楼2015-04-01 14:32:51
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xyzzz986

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
liliangfang: 金币+1, 谢谢交流 2015-04-03 07:48:10
无所谓109: 金币+10 2015-07-25 20:55:40
如果我没猜错的话,你优化CO2-的时候没有调整结构,自然那个电子不容易被CO2捕获。
8楼2015-04-01 14:55:28
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无所谓109

银虫 (正式写手)

引用回帖:
6楼: Originally posted by kjsun at 2015-04-01 13:50:45
我最近也在研究带电粒子的计算问题。
我发现VASP加电荷不是在体系的最低空轨道加入一个电子,而是在整个空间加入一个背景电荷。(说明书上有相信加入公式)
VASP这么干目的肯定是为了解决一些问题,但是具体什么, ...

谢谢您啦
你说的优化小的带电分子,我也试过,CO2- 优化后确实是直线的,与实验值和Gaussian的结果是不符合的

带电体系能量变得大,从我把静电势能的图导出来,我也就明白了,对slab模型加电子,结果相当于是在电场存在下的能量,能量数值不可避免收到较大的影响

我想加电子,想法主来来自于NC上的一篇文章。对体系加电子然后模拟半导体CB上的反应,通过能量确定途径(文中是通过castep,DMol3...)

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向金字塔顶攀登
9楼2015-04-01 15:20:30
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卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur

引用回帖:
9楼: Originally posted by 无所谓109 at 2015-04-01 15:20:30
谢谢您啦
你说的优化小的带电分子,我也试过,CO2- 优化后确实是直线的,与实验值和Gaussian的结果是不符合的

带电体系能量变得大,从我把静电势能的图导出来,我也就明白了,对slab模型加电子,结果相当于是在 ...

建议考察一下自旋多重度,对于分子,处理与固体处理有一些差异,原则上不应该有不同,倒是想与LZ做些讨论。

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10楼2015-04-01 16:09:56
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