应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » 热点前沿问题讨论 » 讨论一下带电粒子的吸附和dipole修正问题
91/1返回列表
查看: 3373  |  回复: 8
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

luzihen

金虫 (正式写手)

[交流] 讨论一下带电粒子的吸附和dipole修正问题

最近看了一篇文章想拿出来和大家讨论一下。我的疑惑是关于带电粒子吸附的问题。
先上这篇文章，见附件，First principles study of the permeability of graphene to hydrogen atoms。
文章讲的故事主要是质子和氢原子穿过石墨烯的问题，作者用了CI-NEB方法分别计算了氢原子和质子透过石墨烯的pathway，和相应的能垒。最终的结果是如果石墨烯没有缺陷不太好穿过去。
讨论一下带电粒子的吸附和dipole修正问题
讨论一下带电粒子的吸附和dipole修正问题-1

乍看之下没觉得有什么问题，动手开始重复的时候问题出现了。作者用的是quantum espresso，虽然没有用过，但是看文章里写的是周期性体系，那么用的应该算是slab模型。
看了VASP手册，发现似乎slab是不能手动设置电荷的。准确说不是不能，而是计算会出问题。见http://cms.mpi.univie.ac.at/vasp/vasp/FAQ.html 最后五小结

问题来了:
1. 正是上面提到的，hydrogen atom和proton怎么区分的？
2. 如果这里不考虑带电问题，就只算hydrogen atom，那么吸附上去以后电荷估计会有转移，那么就有个偶极，按道理讲应该做偶极修正或者用一个对称的adsorbate。但是这里要做permation，所以第二种情况不考虑，所以是不是应该做偶极修正？
这里有个疑问我一直没仔细去查，不怕笑话提出来吧：计算slab模型的时候需要做个对称结构，那么这个对称是指slab对称还是adsorbates也要对称到另一面去？（直觉上是都要的，电荷转移产生偶极，周期性会对这个有加强）

如果有理解错误恳请指出，欢迎讨论和批评！
回复此楼

» 本帖附件资源列表

  • 欢迎监督和反馈：小木虫仅提供交流平台，不对该内容负责。
    本内容由用户自主发布，如果其内容涉及到知识产权问题，其责任在于用户本人，如对版权有异议，请联系邮箱：xiaomuchong@tal.com
  • 附件 1 : C3CP52318G.pdf
    • 2014-12-08 18:50:58, 2.05 M

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
1楼 2014-12-08 18:53:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

春华秋实538

铁杆木虫 (小有名气)

博士
★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
luzihen: 金币+5 2014-12-09 03:32:39
关于第二个问题：对于如果是非对称的slab，一般要做个镜面对称。 我比对过 非对称的slab+偶极修正 和 做个镜面对称的对称slab，两者的原子间距 和表面能查不少。个人觉得 非对称的slab转换成对称的slab，计算更加精确（但是计算量可能会有所增长）。当然要吸附的时候 上下两个面 同时对称吸附。
赞一下 回复此楼
en
2楼2014-12-09 02:09:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

阿Q~~

至尊木虫 (文坛精英)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
帮顶一下，不懂 ~~~~~~~~~~~~~
赞一下 回复此楼
自强不息，厚德载物；独立精神，自由思想。
3楼2014-12-09 07:13:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

chlq314101a
4楼2014-12-09 07:47:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

空明之小

金虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
帮顶一下，不懂 ~~~~~~~~~~~~~
赞一下 回复此楼
在路上
5楼2014-12-09 08:49:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

WDD880227

木虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
楼主的问题弄清楚了吗？vasp计算slab模型吸附proton时电子是怎么设置的？
赞一下 回复此楼
smiling&fighting...
6楼2015-12-08 15:21:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

luzihen

金虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by WDD880227 at 2015-12-08 15:21:09
楼主的问题弄清楚了吗？vasp计算slab模型吸附proton时电子是怎么设置的？

如果你说的是带电体系,按照我的理解,简单说就是不能做.或者说不是size consistent的
不过我见过别的问文章直接这样算的,个人觉得有问题.
你为何不直接吸附H原子?
赞一下 回复此楼
7楼2015-12-08 18:22:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

WDD880227

木虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
7楼: Originally posted by luzihen at 2015-12-08 18:22:16
如果你说的是带电体系,按照我的理解,简单说就是不能做.或者说不是size consistent的
不过我见过别的问文章直接这样算的,个人觉得有问题.
你为何不直接吸附H原子?...

吸附氢原子和质子的情形应该是不一样的吧。。。
赞一下 回复此楼
smiling&fighting...
8楼2015-12-09 08:49:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

luzihen

金虫 (正式写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by WDD880227 at 2015-12-09 08:49:40
吸附氢原子和质子的情形应该是不一样的吧。。。...

应该是不一样.这个问题我和朋友讨论过,也许可以用别的计算方法解决吧.比如用孤立体系进行计算.
赞一下 回复此楼
9楼2015-12-09 13:51:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 luzihen 的主题更新
91/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 LwdutQ8HoqWP 2026-09-13 3/150 2026-09-15 15:27 by CgyNCDVNhGVg
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +4 3n8v2C8RimXI 2026-09-13 5/250 2026-09-15 14:58 by CgyNCDVNhGVg
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +4 3n8v2C8RimXI 2026-09-13 4/200 2026-09-15 14:50 by VMDqgnlKimtZ
[考博] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +6 QUjhNVAcOSff 2026-09-13 6/300 2026-09-15 14:25 by VMDqgnlKimtZ
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 23jxep3nCNZb 2026-09-14 3/150 2026-09-15 09:38 by VMDqgnlKimtZ
[公派出国] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 6F5UbRU2I5hL 2026-09-14 3/150 2026-09-15 08:58 by C79jjtjAKjEn
[教师之家] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 6F5UbRU2I5hL 2026-09-14 3/150 2026-09-15 08:26 by C79jjtjAKjEn
[考研] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 6F5UbRU2I5hL 2026-09-14 3/150 2026-09-15 08:14 by C79jjtjAKjEn
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +4 6F5UbRU2I5hL 2026-09-14 4/200 2026-09-15 08:02 by C79jjtjAKjEn
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +4 6F5UbRU2I5hL 2026-09-14 4/200 2026-09-15 08:02 by C79jjtjAKjEn
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +4 s3fFTmArrBt6 2026-09-14 4/200 2026-09-15 07:50 by C79jjtjAKjEn
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +4 6F5UbRU2I5hL 2026-09-14 4/200 2026-09-15 07:50 by C79jjtjAKjEn
[考博] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +6 s3fFTmArrBt6 2026-09-14 6/300 2026-09-15 07:14 by C79jjtjAKjEn
[教师之家] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +4 s3fFTmArrBt6 2026-09-13 4/200 2026-09-15 07:02 by 5BDX0d0WFp7t
[公派出国] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +3 s3fFTmArrBt6 2026-09-13 5/250 2026-09-15 06:38 by 5BDX0d0WFp7t
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +6 QUjhNVAcOSff 2026-09-13 7/350 2026-09-15 05:22 by 5BDX0d0WFp7t
[博后之家] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +3 s3fFTmArrBt6 2026-09-13 4/200 2026-09-14 23:24 by vZfe6xYu34yj
[考研] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 LwdutQ8HoqWP 2026-09-13 5/250 2026-09-14 22:25 by vZfe6xYu34yj
[基金申请] 求教各位大神：2026教育部人文社科青年基金项目何时公示呀？ +5 云宴山人 2026-09-10 7/350 2026-09-14 12:11 by ecnu2013
[找工作] 浙江师范大学是怎么坑我的 +6 recruit123 2026-09-09 6/300 2026-09-14 12:00 by 萨仁其其格
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭