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iamback2011

铜虫 (小有名气)

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[求助] 体系中大量水分子怎么设置水分子模型

最近才开始接触分子模拟，看到很多文献中提到水分子使用SPC/E或者TIP3P势能模型固定，但具体应该怎么做呢？？
在论坛里看了好几天了，也尝试了一下这些方法：
1. 直接用modify-constrains-fix distance 和 fix angel
2. 参考 http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=6795427 这篇帖子里提到的用rattle来固定单一水分子，然后使用amorphous cell建立水盒子
但无论使用方法1还是方法2固定后，在结构优化或者动力学模拟后键长键角还是会发生变化
1.使用指定水模型来固定模拟体系中的水分子具体应该怎么做呢
2.rattle 命令应该怎么使用，只能像方法2中的那样操作吗？
希望各位前辈能够不吝赐教，拜谢

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1楼2015-01-22 16:56:17

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

智能机器人

Robot (super robot)

我们都爱小木虫

找到一些相关的精华帖子，希望有用哦~

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