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iamback2011铜虫 (小有名气)
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体系中大量水分子怎么设置水分子模型
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最近才开始接触分子模拟，看到很多文献中提到水分子使用SPC/E或者TIP3P势能模型固定，但具体应该怎么做呢？？ 在论坛里看了好几天了，也尝试了一下这些方法： 1. 直接用modify-constrains-fix distance 和 fix angel 2. 参考 http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=6795427 这篇帖子里提到的用rattle来固定单一水分子，然后使用amorphous cell建立水盒子 但无论使用方法1还是方法2固定后，在结构优化或者动力学模拟后键长键角还是会发生变化 1.使用指定水模型来固定模拟体系中的水分子具体应该怎么做呢 2.rattle 命令应该怎么使用，只能像方法2中的那样操作吗？ 希望各位前辈能够不吝赐教，拜谢 |
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