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yida

木虫 (小有名气)

[求助] 防止水分子扩散到真空层

我想做水体系中小分子和金属的相互作用,如图,红色的是固定的金属原子,灰色的是水分子,上边加了真空层,如何设置能使动力学过程中水分子不向真空层中扩散?看到有的加惰性气体分子再固定,有的用的L-J wall,请教下具体怎么操作?非常感谢!
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yida

木虫 (小有名气)

内容已删除
2楼2013-04-17 15:35:45
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yangwenbin99

铜虫 (小有名气)

内容已删除
3楼2013-04-17 16:34:06
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yida

木虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by yangwenbin99 at 2013-04-17 16:34:06
你在水分子跟金属接触的地方加上真空层了吗,那里不需要加吗...

我也不知道怎么回事,没有加真空层啊,表面在切出来后优化扩大表面积加了0A的真空层,然后build layer时layer1 填的0 ,layer 2填的12A。那个如何让防止水分子扩散到上边的真空层中啊?

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4楼2013-04-17 16:46:10
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yangwenbin99

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by yida at 2013-04-17 16:46:10
我也不知道怎么回事,没有加真空层啊,表面在切出来后优化扩大表面积加了0A的真空层,然后build layer时layer1 填的0 ,layer 2填的12A。那个如何让防止水分子扩散到上边的真空层中啊?

5[JR7AKY8RJDD8H%F(LF2_K. ...

跑出去应该也没事吧,你不是采用周期性边界条件吗

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5楼2013-04-17 18:47:34
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yida

木虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by yangwenbin99 at 2013-04-17 18:47:34
跑出去应该也没事吧,你不是采用周期性边界条件吗...

看了更多帖子我就郁闷了,比如我下边捡了个金属层,上边加了一层用AC建的含水合小分子的盒子,如果我上边不加真空层的话它是周期性的结构吗?如果是周期性结构的话它在z轴上也有周期性吗?那我在上边加个真空层,就算有周期性结构,但是跑到了真空层里,也就是说水分子分散性变大,密度岂不是变小了?这样理解有问题吗?因为我看到有的文献上确实加了一层防止水分子扩散到真空层啊
6楼2013-04-17 20:03:42
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yida

木虫 (小有名气)

送红花一朵
引用回帖:
5楼: Originally posted by yangwenbin99 at 2013-04-17 18:47:34
跑出去应该也没事吧,你不是采用周期性边界条件吗...

我看到的都用什么挡了下啊,你看看啊,我感觉好奇怪

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» 本帖已获得的红花(最新10朵)

7楼2013-04-17 20:13:04
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kuaileniwo89

木虫 (正式写手)

送红花一朵
引用回帖:
7楼: Originally posted by yida at 2013-04-17 20:13:04
我看到的都用什么挡了下啊,你看看啊,我感觉好奇怪

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T}4DA6MJ0DJJ%N$E$Z~58DC.jpg
...

楼主楼主,这个问题你最后是怎么解决的,我也遇到这个问题了,求教啊
加把油
8楼2017-01-07 17:08:26
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meiqihua

银虫 (正式写手)

引用回帖:
8楼: Originally posted by kuaileniwo89 at 2017-01-07 17:08:26
楼主楼主,这个问题你最后是怎么解决的,我也遇到这个问题了,求教啊...

请问你的这个问题解决了吗?
9楼2018-06-30 13:23:24
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