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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 防止水分子扩散到真空层
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yida

木虫 (小有名气)

[求助] 防止水分子扩散到真空层

我想做水体系中小分子和金属的相互作用，如图，红色的是固定的金属原子，灰色的是水分子，上边加了真空层，如何设置能使动力学过程中水分子不向真空层中扩散？看到有的加惰性气体分子再固定，有的用的L-J wall，请教下具体怎么操作？非常感谢！
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1楼 2013-04-17 15:33:11
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yida

木虫 (小有名气)
内容已删除
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2楼2013-04-17 15:35:45
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yangwenbin99

铜虫 (小有名气)
内容已删除
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3楼2013-04-17 16:34:06
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yida

木虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by yangwenbin99 at 2013-04-17 16:34:06
你在水分子跟金属接触的地方加上真空层了吗，那里不需要加吗...

我也不知道怎么回事，没有加真空层啊，表面在切出来后优化扩大表面积加了0A的真空层，然后build layer时layer1 填的0 ，layer 2填的12A。那个如何让防止水分子扩散到上边的真空层中啊？

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4楼2013-04-17 16:46:10
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yangwenbin99

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by yida at 2013-04-17 16:46:10
我也不知道怎么回事，没有加真空层啊，表面在切出来后优化扩大表面积加了0A的真空层，然后build layer时layer1 填的0 ，layer 2填的12A。那个如何让防止水分子扩散到上边的真空层中啊？

5[JR7AKY8RJDD8H%F(LF2_K. ...

跑出去应该也没事吧，你不是采用周期性边界条件吗
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yida
5楼2013-04-17 18:47:34
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yida

木虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by yangwenbin99 at 2013-04-17 18:47:34
跑出去应该也没事吧，你不是采用周期性边界条件吗...

看了更多帖子我就郁闷了，比如我下边捡了个金属层，上边加了一层用AC建的含水合小分子的盒子，如果我上边不加真空层的话它是周期性的结构吗？如果是周期性结构的话它在z轴上也有周期性吗？那我在上边加个真空层，就算有周期性结构，但是跑到了真空层里，也就是说水分子分散性变大，密度岂不是变小了？这样理解有问题吗？因为我看到有的文献上确实加了一层防止水分子扩散到真空层啊
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6楼2013-04-17 20:03:42
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yida

木虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
5楼: Originally posted by yangwenbin99 at 2013-04-17 18:47:34
跑出去应该也没事吧，你不是采用周期性边界条件吗...

我看到的都用什么挡了下啊，你看看啊，我感觉好奇怪

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kuaileniwo89
7楼2013-04-17 20:13:04
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kuaileniwo89

木虫 (正式写手)
送红花一朵
引用回帖:
7楼: Originally posted by yida at 2013-04-17 20:13:04
我看到的都用什么挡了下啊，你看看啊，我感觉好奇怪

)RC{3EF1SZ)]`4RKD_Z(JNB.jpg

T}4DA6MJ0DJJ%N$E$Z~58DC.jpg
...

楼主楼主，这个问题你最后是怎么解决的，我也遇到这个问题了，求教啊
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加把油
8楼2017-01-07 17:08:26
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meiqihua

银虫 (正式写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by kuaileniwo89 at 2017-01-07 17:08:26
楼主楼主，这个问题你最后是怎么解决的，我也遇到这个问题了，求教啊...

请问你的这个问题解决了吗？
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9楼2018-06-30 13:23:24
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