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永峰1230

铜虫 (小有名气)

[求助] NCBI提交序列 中含有终止密码子怎么办 已有1人参与

向ncbi中提交序列, 其中有几个含有 终止密码子, 应该怎么注释呢?  序列是个蛋白的序列
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

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永峰1230: 金币+5, ★★★很有帮助 2014-12-11 11:30:30
你说的“序列是个蛋白的序列”,是想说你提交的序列是编码蛋白的核酸序列吧?另外你并没有说清楚你提交的是个什么序列?是编码区?还是全长cDNA?还是基因组序列?你说的终止密码子是正常组成?还是测序的突变?或者也有可能是你选错了遗传密码表(如线粒体基因组的遗传密码表并不是通用密码表)。
2楼2014-12-11 00:25:46
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永峰1230

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by stone2239 at 2014-12-11 00:25:46
你说的“序列是个蛋白的序列”,是想说你提交的序列是编码蛋白的核酸序列吧?另外你并没有说清楚你提交的是个什么序列?是编码区?还是全长cDNA?还是基因组序列?你说的终止密码子是正常组成?还是测序的突变?或者 ...

是基因组序列, 在提交的时候会要翻译成蛋白质,  但是中间有终止密码子,, 不是线粒体基因组,
12
3楼2014-12-11 11:30:21
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
kx444555: 金币+2, 鼓励交流 2014-12-16 11:36:11
引用回帖:
3楼: Originally posted by 永峰1230 at 2014-12-11 11:30:21
是基因组序列, 在提交的时候会要翻译成蛋白质,  但是中间有终止密码子,, 不是线粒体基因组,...

基因组序列,如果是真核生物你要考虑该基因是否有内含子,翻译时,要把内含子去掉。如果无内含子,我觉得有两种情况:①你的基因组该位点发生无义突变;②你的基因组该处是正常的,你PCR合成该基因时出错,测序结果有误。可以多测几个克隆载体,通过比较各测序结果在该位点的碱基是否一致来判断属于哪种情况。

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4楼2014-12-11 12:10:38
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永峰1230

铜虫 (小有名气)

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引用回帖:
4楼: Originally posted by stone2239 at 2014-12-11 12:10:38
基因组序列,如果是真核生物你要考虑该基因是否有内含子,翻译时,要把内含子去掉。如果无内含子,我觉得有两种情况:①你的基因组该位点发生无义突变;②你的基因组该处是正常的,你PCR合成该基因时出错,测序结果 ...

原核生物,,
12
5楼2014-12-16 09:36:55
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