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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » NCBI提交序列 中含有终止密码子怎么办
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永峰1230

铜虫 (小有名气)

[求助] NCBI提交序列 中含有终止密码子怎么办 已有1人参与

向ncbi中提交序列， 其中有几个含有 终止密码子， 应该怎么注释呢？  序列是个蛋白的序列
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12
1楼 2014-12-10 20:55:22
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
永峰1230: 金币+5, ★★★很有帮助 2014-12-11 11:30:30
你说的“序列是个蛋白的序列”，是想说你提交的序列是编码蛋白的核酸序列吧？另外你并没有说清楚你提交的是个什么序列？是编码区？还是全长cDNA？还是基因组序列？你说的终止密码子是正常组成？还是测序的突变？或者也有可能是你选错了遗传密码表（如线粒体基因组的遗传密码表并不是通用密码表）。
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2楼2014-12-11 00:25:46
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永峰1230

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by stone2239 at 2014-12-11 00:25:46
你说的“序列是个蛋白的序列”，是想说你提交的序列是编码蛋白的核酸序列吧？另外你并没有说清楚你提交的是个什么序列？是编码区？还是全长cDNA？还是基因组序列？你说的终止密码子是正常组成？还是测序的突变？或者 ...

是基因组序列， 在提交的时候会要翻译成蛋白质，  但是中间有终止密码子，， 不是线粒体基因组，
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12
3楼2014-12-11 11:30:21
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
kx444555: 金币+2, 鼓励交流 2014-12-16 11:36:11
引用回帖:
3楼: Originally posted by 永峰1230 at 2014-12-11 11:30:21
是基因组序列， 在提交的时候会要翻译成蛋白质，  但是中间有终止密码子，， 不是线粒体基因组，...

基因组序列，如果是真核生物你要考虑该基因是否有内含子，翻译时，要把内含子去掉。如果无内含子，我觉得有两种情况：①你的基因组该位点发生无义突变；②你的基因组该处是正常的，你PCR合成该基因时出错，测序结果有误。可以多测几个克隆载体，通过比较各测序结果在该位点的碱基是否一致来判断属于哪种情况。
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永峰1230
4楼2014-12-11 12:10:38
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永峰1230

铜虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
4楼: Originally posted by stone2239 at 2014-12-11 12:10:38
基因组序列，如果是真核生物你要考虑该基因是否有内含子，翻译时，要把内含子去掉。如果无内含子，我觉得有两种情况：①你的基因组该位点发生无义突变；②你的基因组该处是正常的，你PCR合成该基因时出错，测序结果 ...

原核生物，，
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12
5楼2014-12-16 09:36:55
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