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霍烨zz

银虫 (小有名气)

[求助] 肠道粘膜RNA提取总是降解,要崩溃了.....已有3人参与

想要做肠道上皮细胞的转录组测序,做了两批试验,结果肠道粘膜的RNA样品都不合格
我把第二次的过程贴出来给大家看看,请指教到底有什么地方不合适:

1.样品制备:将小肠样品纵向剪开,在预冷过的生理盐水中漂洗几次,用滤纸小心吸干,于冰上平皿内刮取肠道粘膜,转移至1.5ml离心管中(提前加入0.5ml Trizol),直接放入-80冰箱保存;

2.RNA提取:样品管加入0.5mlTrizol,使trizol总体积为1ml,漩涡混匀(是粘膜样,就没有用液氮磨)。加入200ul氯仿,混匀后12000转离心15min
               取上清,加入等体积异丙醇,混匀后-20℃放置20min;12000转离心15min;去掉上清,用75%的酒精(DEPC水配制)洗涤沉淀两次;
                RNA样品晾干至半透明,用DEPC水溶解后-80℃保存

3.电泳鉴定: 用的是1%琼脂糖+2ul golden view
                                3ul RNA + 3ul 2X RNA loading dye (65℃,变性10min)
                                然后120V,跑了20min,结果是这么个样子:(上样量5ul)
Nanodrop结果:
肠道粘膜RNA提取总是降解,要崩溃了.....

RNA电泳图:
肠道粘膜RNA提取总是降解,要崩溃了.....-1

然后送公司鉴定的结果:
肠道粘膜RNA提取总是降解,要崩溃了.....-2
1是D-14,2是D-24
公司说条带比较模糊,弥散较多,说明已经降解了,不适合后续建库测序......



师姐给我分析,可能是刮粘膜的过程太费时间了,导致了降解,建议我可以直接取肠段提RNA
可是,我已经很小心了,一直都是在冰上操作的,漂洗的生理盐水也是4℃冰箱提前预冷过的,参考过很多文献,涉及肠道上皮细胞的,一般都是采取刮粘膜的方式,为什么别人就能做出RNA来,而我却不行啊???

真诚地求教各位,我这该怎么办啊??
RNA都提不好,后面就没法做了啊!!!

肠道粘膜RNA提取总是降解,要崩溃了.....-3
1.png
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guoliwang

至尊木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
霍烨zz(西门吹雪170代发): 金币+1, 鼓励回帖交流 2014-12-07 19:39:22
霍烨zz: 金币+9, ★★★很有帮助 2014-12-07 23:02:24
建议你把肠黏膜组织直接冻存送公司,让他们自己提纯、鉴定,然后建库,也不会增加很多费用。RNA如果发生降解,解决起来很麻烦。提纯高质量RNA对专门做这个的公司来说就简单了。
慎思明辨博学笃行
2楼2014-12-07 18:55:11
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霍烨zz

银虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by guoliwang at 2014-12-07 18:55:11
建议你把肠黏膜组织直接冻存送公司,让他们自己提纯、鉴定,然后建库,也不会增加很多费用。RNA如果发生降解,解决起来很麻烦。提纯高质量RNA对专门做这个的公司来说就简单了。

也直接送了肠粘膜的组织样,结果还是不行啊!

肠道粘膜RNA提取总是降解,要崩溃了.....-4

肠道粘膜RNA提取总是降解,要崩溃了.....-5

这是同一个批次的样品,感觉还没有我送RNA样的结果好.......



不知道是怎么回事,难道真的不能刮粘膜吗?
可是那么多的文献中都是刮粘膜,别人都还做出来了、
我是真的不知道该怎么改进了
3楼2014-12-07 23:10:37
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990104036

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
霍烨zz: 金币+20, ★★★很有帮助, 谢谢! 2015-01-22 10:38:24
你为何保存样品的时候就加入Trizol呢?我们实验室经常做肠道RNA。取样的时候按你说的方法洗干净(其实也没必要那么认真,很多时候都是直接取肠断,不刮粘膜),取样后放入试管中冷冻。当开始做实验的时候,把样品磨成粉末状后与Trizol试剂。后面的过程都是那些就不说了。整个过程中切记,在离心完成后取上清液一定小心,别把沉淀物取上来。
跟党走,有肉吃。
4楼2015-01-21 20:50:00
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霍烨zz

银虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 990104036 at 2015-01-21 20:50:00
你为何保存样品的时候就加入Trizol呢?我们实验室经常做肠道RNA。取样的时候按你说的方法洗干净(其实也没必要那么认真,很多时候都是直接取肠断,不刮粘膜),取样后放入试管中冷冻。当开始做实验的时候,把样品磨成 ...

取样的时候就加trizol是听从了公司的建议,因为trizol中有RNA酶抑制剂,所以可能会好点
最近的一次取样,已经不刮粘膜了,直接用的肠段液氮速冻后-80保存;
也是直接送的肠段样品去公司,质检结果还没出来,希望一切顺利吧!
5楼2015-01-22 10:41:23
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liubolin945

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

我自身有点经验,因为刚开始做,感触不多,不知道能不能帮到你。
我在提取组织的时候发现用生理盐水清洗过的提取RNA质量都不高,不如直接液氮冻存。
买过一个RNA sample的试剂,还没用,是保存样品的,不让RNA降解,可以常温保存1个月,-20保存1年,效果还没试验不清楚,但是我估计是可以的。
不知道你的生理盐水是自己配置的还是买医疗器械的,我当时是药店买的,
QQ:277046172
6楼2015-03-22 12:51:20
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萌面超人123

银虫 (小有名气)

请问楼主,你送冷冻样品是怎么运输的呀?用的干冰吗?
7楼2016-10-03 09:53:48
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依旧安然

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 990104036 at 2015-01-21 20:50:00
你为何保存样品的时候就加入Trizol呢?我们实验室经常做肠道RNA。取样的时候按你说的方法洗干净(其实也没必要那么认真,很多时候都是直接取肠断,不刮粘膜),取样后放入试管中冷冻。当开始做实验的时候,把样品磨成 ...

我也是最近开始提取小鼠盲肠前段上皮细胞的,因为小鼠太小了,刮取不到多少组织,请问大神我可不可以不刮取直接提取rna呢?(我的小鼠是20±2g的有用的部分还不到两个指节那么长的,实在刮取不下多少的组织)还有一定要用生理盐水冲洗吗?

发自小木虫Android客户端
8楼2017-03-29 18:30:04
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徐小小悦

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 990104036 at 2015-01-21 20:50:00
你为何保存样品的时候就加入Trizol呢?我们实验室经常做肠道RNA。取样的时候按你说的方法洗干净(其实也没必要那么认真,很多时候都是直接取肠断,不刮粘膜),取样后放入试管中冷冻。当开始做实验的时候,把样品磨成 ...

想问一下   一般取肠段要取多长?
9楼2018-06-21 16:42:11
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