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gn02530640

银虫 (小有名气)

[求助] 绘制具有二级β结构的蛋白质 已有1人参与

如题,请问该怎么用 PyMol 或者 Discovery Studio 或者其他软件画出这张图上的蛋白质? 希望尽量有较详细的教程或者步骤,麻烦各位虫友了,感谢!绘制具有二级β结构的蛋白质
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aa7899379

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
gn02530640: 金币+5, ★有帮助 2014-12-09 19:58:01
abinitio: 金币+2, 鼓励交流 2014-12-10 08:21:20
Aβ蛋白吗?我之前做过一点点。Robert Tycko做了很多Aβ蛋白结构解析的工作,楼主可以搜一下相关文献。
然后楼主需要Aβ蛋白结构文件的话,可以在http://www.rcsb.org/pdb/explore/explore.do?structureId=2lmn网站上下载,是Robert Tycko根据solid-state nuclear magnetic resonance解析出的结构,不需要自己画分子结构。
参考文献Experimental Constraints on Quaternary Structure in Alzheimer’s β-Amyloid Fibrils,Biochemistry 2006, 45, 498-512。
楼主如果还有其他问题可以留个联系方式
2楼2014-11-22 16:29:30
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gn02530640

银虫 (小有名气)

感谢您的回帖,但我要做的不是Aβ蛋白,而是Amylin (IAPP),而且我需要的正是这种有β结构的 Amylin,您有什么好方法吗?
3楼2014-11-22 17:34:34
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gn02530640

银虫 (小有名气)

没人回吗? 自己顶一个
4楼2014-12-09 19:58:47
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aa7899379

金虫 (小有名气)

我搜索了一下,IAPP也有人做过模拟:Identification of a Common Binding Mode for Imaging Agents to
Amyloid Fibrils from Molecular Dynamics Simulations,J. Am. Chem. Soc. 2013, 135, 15114−15128。这篇文章里面用的蛋白结构为PDB:2KIB,也是固态核磁测定的结构,但是他的模型只包括平行的β平面,没有loop区域。
5楼2015-07-10 09:53:36
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