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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 绘制具有二级β结构的蛋白质
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gn02530640

银虫 (小有名气)

[求助] 绘制具有二级β结构的蛋白质 已有1人参与

如题，请问该怎么用 PyMol 或者 Discovery Studio 或者其他软件画出这张图上的蛋白质? 希望尽量有较详细的教程或者步骤，麻烦各位虫友了，感谢!绘制具有二级β结构的蛋白质
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1楼 2014-11-21 11:31:48
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aa7899379

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gn02530640: 金币+5, ★有帮助 2014-12-09 19:58:01
abinitio: 金币+2, 鼓励交流 2014-12-10 08:21:20
Aβ蛋白吗？我之前做过一点点。Robert Tycko做了很多Aβ蛋白结构解析的工作，楼主可以搜一下相关文献。
然后楼主需要Aβ蛋白结构文件的话，可以在http://www.rcsb.org/pdb/explore/explore.do?structureId=2lmn网站上下载，是Robert Tycko根据solid-state nuclear magnetic resonance解析出的结构，不需要自己画分子结构。
参考文献Experimental Constraints on Quaternary Structure in Alzheimer’s β-Amyloid Fibrils，Biochemistry 2006, 45, 498-512。
楼主如果还有其他问题可以留个联系方式
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2楼2014-11-22 16:29:30
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gn02530640

银虫 (小有名气)
感谢您的回帖，但我要做的不是Aβ蛋白，而是Amylin (IAPP)，而且我需要的正是这种有β结构的 Amylin，您有什么好方法吗?
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3楼2014-11-22 17:34:34
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gn02530640

银虫 (小有名气)
没人回吗? 自己顶一个
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4楼2014-12-09 19:58:47
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aa7899379

金虫 (小有名气)
我搜索了一下，IAPP也有人做过模拟：Identification of a Common Binding Mode for Imaging Agents to
Amyloid Fibrils from Molecular Dynamics Simulations，J. Am. Chem. Soc. 2013, 135, 15114−15128。这篇文章里面用的蛋白结构为PDB：2KIB，也是固态核磁测定的结构，但是他的模型只包括平行的β平面，没有loop区域。
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5楼2015-07-10 09:53:36
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