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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 在线预测蛋白质二级结构，大量蛋白质序列
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xiaoqianxixi

新虫 (初入文坛)

[求助] 在线预测蛋白质二级结构，大量蛋白质序列 已有1人参与

我要预测大量蛋白质序列的二级结构，格式如下：
>AP00013
GLFDIIKKIAESF
>AP00026
FKCRRWQWRMKKLGAPSITCVRRAF
>AP00028
CLGIGSCNDFAGCGYAVVCFW
>AP00060
GIGGKILSGLKTALKGAAKELASTYLH
>AP00121
GLMDTVKNVAKNLAGHMLDKLKCKITGC


想要得到的结果是
>O93853_379
MIGLSTYRNLPTLLTTTTVISTALRSKQLLRFTTTTSTKSRSSTSTAATTVGNSNPKSPIDEDNLEKPGTIPTKHKPFNIQTEVYNKAGIEANDDDKFLTKPTYRHEDFTEAGVYRVHVTHRPPRTIGDKISCYGTLFFRKCFDLVTGYAVPDPDKPDQYKGTRWEMTEEKWMTRCIFLESIAGVPGSVAGFVRHLHSLRMLTRDKAWIETLHDEAYNERMHLLTFIKIGKPSWFTRSIIYIGQGVFTNIFFLVYLMNPRYCHRFVGYLEEEAVRTYTHLIDELDDPNKLPDFQKLPIPNIAVQYWPELTPESSFKDLILRIRADEAKHREINHTFANLEQWQDRNPFALKIKDSDKPQPNYNLDVTRPQGWERKDLYL
CHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCEECCCEEEEEECEECCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCEECCCCEEEECCCCCCCCEEEECCCCCEECCCCCCHCEEECCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHCCCCCCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHCCCCCCCHHHHHCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCHHCCC
不知道什么软件可以实现？
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1楼 2013-06-14 10:49:57
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starseacow

专家顾问 (职业作家)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
wizardfan: 金币+1, 谢谢参与 2013-06-15 03:06:23
刚开始接触这方面工作，貌似可以试试PSIPRED
http://bioinf.cs.ucl.ac.uk/psipred/
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植物生理群69993869，为避免广告，申请加入请提供木虫昵称，院校及专业信息
2楼2013-06-14 20:49:47
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
http://en.wikipedia.org/wiki/Lis ... tructure_prediction
赞一下 回复此楼
3楼2013-06-15 03:07:56
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xiaoqianxixi

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by starseacow at 2013-06-14 20:49:47
刚开始接触这方面工作，貌似可以试试PSIPRED
http://bioinf.cs.ucl.ac.uk/psipred/

谢谢，可是我不太明白怎么用，Short identifier for submission这项里面要填写什么呢？
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4楼2013-06-17 10:37:54
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hxswdl

至尊木虫 (文坛精英)

Tortoise

文献杰出贡献
我也在找，我用这个网站http://prodata.swmed.edu/promals3d/promals3d.php做的图跟文献同样发的不一样，在找其他的方法
赞一下 回复此楼
Dripping Concentrated!!energetic and active！
5楼2014-03-20 12:56:03
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小涩雪

铁虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

我们使用神经网络或者一些智能算法在做，可以达到这样的效果。我想问一下，您已知的蛋白质的二级结构链是在哪里下载的？
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6楼2015-09-12 15:18:26
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