版块导航: 正在加载中...

登录注册

应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜

返回列表

sleefd

新虫 (初入文坛)

应助: 1 (幼儿园)
金币: 26.5
帖子: 27
在线: 7.4小时
虫号: 1331238
注册: 2011-06-26
专业: 计算机软件

[求助] 求教pajek画大型蛋白质结构图做法

正在用pajek可视化.net格式的蛋白质。
蛋白质点比较多 400+
边4000+

直接draw后，做了几次kamada-kawai 变换。
由于点，边都太多了，而笔记本屏幕又小，根本
就看不清。很多边都重叠在一起。

请问大家在处理大型数据的时候，用pajek是如何可视化的？

回复此楼

» 猜你喜欢

售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急已经有13人回复
售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急已经有10人回复
售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急已经有10人回复
售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急已经有12人回复
售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急已经有11人回复
售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急已经有9人回复
售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急已经有11人回复
售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急已经有11人回复
售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急已经有8人回复
售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急已经有8人回复

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

如何验证RNA是否与蛋白质发生相互作用？已经有8人回复
求教：端基碳108ppm，是什么结构的糖苷呢？已经有10人回复
求助：关于质谱与蛋白质三级结构的问题！已经有4人回复
金属配合物结构问题已经有14人回复
【求助/交流】蛋白质纯化的疑难问题已经有11人回复
【求助/交流】如何测定蛋白质的分子量大小？已经有11人回复
【讨论】蛋白质从头预测最好的方法是Rosetta吗？？已经有12人回复
【求助】清楚的蛋白质二级结构图已经有6人回复
【求助】如何将一种已分离出来的抗菌肽（蛋白质）作为防腐剂进行开发？再补15金币已经有7人回复
【求助】结构绘画后如何输入单位符号和中文文字已经有6人回复
【求助/交流】蛋白质等电点沉淀已经有6人回复
【求助】现在还有没有可用的可画蛋白质拓扑结构的软件或网站？已经有4人回复

1楼 2012-02-14 10:23:21

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

zrcc_dafei

新虫 (小有名气)

应助: 9 (幼儿园)
金币: 543.2
红花: 2
帖子: 85
在线: 11.1小时
虫号: 1621150
注册: 2012-02-16
性别: GG
专业: 计算机软件

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
mze04532(金币+1): 鼓励新虫参与研讨~ 2012-02-17 11:08:24
sleefd(金币+2): ★有帮助 2012-02-21 11:23:47

pajek软件我也用过，读取.net格式文件，选择特定的布局，可视化应该没有问题，至于400+个点和4000+条边应该不算很大，如果不行你可以用其他绘图软件：Cytoscape,NetAnalysis.

赞一下

回复此楼

2楼2012-02-16 17:19:06

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

sleefd

新虫 (初入文坛)

应助: 1 (幼儿园)
金币: 26.5
帖子: 27
在线: 7.4小时
虫号: 1331238
注册: 2011-06-26
专业: 计算机软件

引用回帖:

楼: Originally posted by zrcc_dafei at 2012-02-16 17:19:06:
pajek软件我也用过，读取.net格式文件，选择特定的布局，可视化应该没有问题，至于400+个点和4000+条边应该不算很大，如果不行你可以用其他绘图软件：Cytoscape,NetAnalysis.

嗯谢谢。
数据感觉确实不是很大。但是layout的自动调整，
分布还是很散乱，很混淆视线。
我觉得我还是再看一下explotary social netwrok analysis with pajek ，应该有详细的说明。

赞一下

回复此楼

3楼2012-02-17 16:09:21

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

zrcc_dafei

新虫 (小有名气)

应助: 9 (幼儿园)
金币: 543.2
红花: 2
帖子: 85
在线: 11.1小时
虫号: 1621150
注册: 2012-02-16
性别: GG
专业: 计算机软件

【答案】应助回帖

你可以尝试先对网络进行聚类，这样看起来或许会比较好一点。

赞一下

回复此楼

4楼2012-02-17 17:09:33

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

sleefd

新虫 (初入文坛)

应助: 1 (幼儿园)
金币: 26.5
帖子: 27
在线: 7.4小时
虫号: 1331238
注册: 2011-06-26
专业: 计算机软件

引用回帖:

楼: Originally posted by zrcc_dafei at 2012-02-17 17:09:33:
你可以尝试先对网络进行聚类，这样看起来或许会比较好一点。

嗯，做过聚类。
聚类之后 layout->circular->using partition
结果可观性非常好。每一个类都是单独分开的。
不过，还是想能更好的看到原始的.net 对应图形。

赞一下

回复此楼

5楼2012-02-18 11:58:07

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

zrcc_dafei

新虫 (小有名气)

应助: 9 (幼儿园)
金币: 543.2
红花: 2
帖子: 85
在线: 11.1小时
虫号: 1621150
注册: 2012-02-16
性别: GG
专业: 计算机软件

【答案】应助回帖

这个嘛，

，看看放大缩小什么的功能，酌情可以考虑用其他可视化工具。

赞一下

回复此楼

6楼2012-02-19 22:23:31

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

wingaboy

金虫 (小有名气)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 698.8
帖子: 144
在线: 25.9小时
虫号: 197070
注册: 2006-02-24
专业: 环境微生物学

进来学习了。

回复此楼

发现存在的精彩，谱写生命勇探调。

7楼2013-04-15 09:52:30

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

brucezhengyu

新虫 (初入文坛)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 303.3
散金: 10
帖子: 28
在线: 6.4小时
虫号: 1785759
注册: 2012-04-29
专业: 资源环境政策与管理

楼主可否知道我下 ?毕业论文比较急。。。

赞一下

回复此楼

8楼2017-03-07 19:37:16

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

相关版块跳转我要订阅楼主 sleefd 的主题更新

返回列表

最具人气热帖推荐 [查看全部]		作者	回/看	最后发表

[考研] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +5	5sJFDKp2kwuI 2026-11-06	10/500	2026-11-09 02:59 by l48hFd8Nwae2
[考博] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +4	5sJFDKp2kwuI 2026-11-06	11/550	2026-11-09 02:48 by l48hFd8Nwae2
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +5	2rKfVQg2jQww 2026-11-06	11/550	2026-11-09 00:26 by l48hFd8Nwae2
[公派出国] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +4	5sJFDKp2kwuI 2026-11-06	8/400	2026-11-09 00:14 by l48hFd8Nwae2
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +4	5sJFDKp2kwuI 2026-11-06	8/400	2026-11-08 23:01 by l48hFd8Nwae2
[公派出国] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +4	ELBZ6WwEaRj6 2026-11-05	5/250	2026-11-06 16:43 by 5sJFDKp2kwuI
[考博] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +6	ELBZ6WwEaRj6 2026-11-05	8/400	2026-11-06 16:34 by 5sJFDKp2kwuI
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +5	ELBZ6WwEaRj6 2026-11-04	10/500	2026-11-06 16:23 by 5sJFDKp2kwuI
[硕博家园] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +4	ttH3f1oA6ace 2026-11-04	11/550	2026-11-06 16:10 by 5sJFDKp2kwuI
[硕博家园] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +6	ncTVBM6AOJHF 2026-11-04	11/550	2026-11-06 13:47 by BkA9Bi5cMhkD
[考研] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +8	ncTVBM6AOJHF 2026-11-04	18/900	2026-11-06 13:36 by BkA9Bi5cMhkD
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +5	ELBZ6WwEaRj6 2026-11-05	10/500	2026-11-06 12:32 by BkA9Bi5cMhkD
[硕博家园] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3	ELBZ6WwEaRj6 2026-11-05	5/250	2026-11-06 09:01 by 2lRNluKrJpwL
[考研] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3	ELBZ6WwEaRj6 2026-11-04	10/500	2026-11-06 05:32 by qL1cU46YIdK0
[考研] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4	ttH3f1oA6ace 2026-11-04	14/700	2026-11-06 05:11 by qL1cU46YIdK0
[公派出国] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3	ELBZ6WwEaRj6 2026-11-04	9/450	2026-11-06 02:15 by qL1cU46YIdK0
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +4	ttH3f1oA6ace 2026-11-04	10/500	2026-11-06 02:04 by qL1cU46YIdK0
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +4	hNpp4Y2CGvSC 2026-11-04	12/600	2026-11-06 01:53 by qL1cU46YIdK0
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +6	ncTVBM6AOJHF 2026-11-04	10/500	2026-11-06 01:51 by qL1cU46YIdK0
[考研] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +5	ncTVBM6AOJHF 2026-11-04	12/600	2026-11-06 01:42 by qL1cU46YIdK0