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sleefd

新虫 (初入文坛)

[求助] 求教pajek画大型蛋白质结构图做法

正在用pajek可视化.net格式的蛋白质。
蛋白质点比较多 400+
边4000+

直接draw后，做了几次kamada-kawai 变换。
由于点，边都太多了，而笔记本屏幕又小，根本
就看不清。很多边都重叠在一起。

请问大家在处理大型数据的时候，用pajek是如何可视化的？
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1楼2012-02-14 10:23:21
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zrcc_dafei

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

你可以尝试先对网络进行聚类，这样看起来或许会比较好一点。
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4楼2012-02-17 17:09:33
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zrcc_dafei

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
mze04532(金币+1): 鼓励新虫参与研讨~ 2012-02-17 11:08:24
sleefd(金币+2): ★有帮助 2012-02-21 11:23:47
pajek软件我也用过，读取.net格式文件，选择特定的布局，可视化应该没有问题，至于400+个点和4000+条边应该不算很大，如果不行你可以用其他绘图软件：Cytoscape,NetAnalysis.
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2楼2012-02-16 17:19:06
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sleefd

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
楼: Originally posted by zrcc_dafei at 2012-02-16 17:19:06:
pajek软件我也用过，读取.net格式文件，选择特定的布局，可视化应该没有问题，至于400+个点和4000+条边应该不算很大，如果不行你可以用其他绘图软件：Cytoscape,NetAnalysis.

嗯 谢谢。
数据感觉确实不是很大。但是layout的自动调整，
分布还是很散乱，很混淆视线。
我觉得我还是再看一下explotary social netwrok analysis with pajek  ，应该有详细的说明。
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3楼2012-02-17 16:09:21
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sleefd

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
楼: Originally posted by zrcc_dafei at 2012-02-17 17:09:33:
你可以尝试先对网络进行聚类，这样看起来或许会比较好一点。

嗯，做过聚类。
聚类之后 layout->circular->using partition
结果可观性非常好。 每一个类都是单独分开的。
不过，还是想能更好的看到原始的.net 对应图形。
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5楼2012-02-18 11:58:07
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