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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物化学 » 从酶的氨基酸序列查找编码它的核苷酸序列的注册号（Accession No.)
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xmcc2014

铁虫 (小有名气)

[求助] 从酶的氨基酸序列查找编码它的核苷酸序列的注册号（Accession No.)已有2人参与

我在NCBI上找到了一个细菌体内的双加氧酶的氨基酸序列，现在需要根据这个氨基酸序列查找到编码它的核苷酸序列的注册号（Accession No.),希望知道的虫友帮帮忙，这个怎么做？本人不是生物专业的，希望可以说的具体一些！非常感谢！
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1楼2014-11-07 18:16:41
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xmcc2014

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by stone2239 at 2014-11-07 19:11:14
最简单的方法是做tblastn比对，打开网页http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PROGRAM=tblastn&PAGE_TYPE=BlastSearch&LINK_LOC=blasthome，在页面上面的输入框里填入氨基酸序列（必须是用单字母表示的 ...

非常感谢您的帮助，按照上述方法找到一个相似性100% 的：Rhodococcus erythropolis PR4 DNA, complete genome AP008957.1，这个是正确的
但是我有点不明白的地方，细菌体内的这个酶只是细菌整个蛋白构架的一部分，应该是由整个基因组中的一部分基因编码的，现在搜出来的是整个基因组，有办法找出具体是哪一段基因编码的吗？
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3楼2014-11-07 21:15:48
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
myprayer: 金币+2, 赠人玫瑰手有余香，分子生物期待你更多精彩。 2014-11-07 19:31:05
xmcc2014: 金币+10, ★★★很有帮助 2014-11-08 19:04:26
xmcc2014: 金币+2 2014-11-08 19:04:50
最简单的方法是做tblastn比对，打开网页http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Bl ... ;LINK_LOC=blasthome，在页面上面的输入框里填入氨基酸序列（必须是用单字母表示的形式），点击下方的BLAST按钮，等待输出结果后，看第一条命中的记录的登录号应该就是你的蛋白质序列对应的核酸序列。还看不懂的话，直接把你蛋白序列贴上来吧。
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2楼2014-11-07 19:11:14
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by xmcc2014 at 2014-11-07 21:15:48
非常感谢您的帮助，按照上述方法找到一个相似性100% 的：Rhodococcus erythropolis PR4 DNA, complete genome AP008957.1，这个是正确的
但是我有点不明白的地方，细菌体内的这个酶只是细菌整个蛋白构架的一部分， ...

那就继续看100%下面的其他结果，应该还有100%的，短的序列或mRNA序列。
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4楼2014-11-07 21:17:56
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liuderong

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gyesang: 金币+2, 鼓励交流！ 2014-11-07 22:17:33
xmcc2014: 金币+5 2014-11-08 19:05:47
引用回帖:
3楼: Originally posted by xmcc2014 at 2014-11-07 21:15:48
非常感谢您的帮助，按照上述方法找到一个相似性100% 的：Rhodococcus erythropolis PR4 DNA, complete genome AP008957.1，这个是正确的
但是我有点不明白的地方，细菌体内的这个酶只是细菌整个蛋白构架的一部分， ...

原核生物的基因是没有内含子的，blast之后找到起始密码子和终止密码子，中间这段就是基因序列，复制出来就好。细菌基因组不大，数据库一般都是整条染色体保存的，查询者仅需截取需要的那一段，其他的可以不管。
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5楼2014-11-07 22:17:11
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