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分子动力学的缺点 已有1人参与
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| 文章一篇分子动力学和实验结合的文章，审稿人纠结在为什么模拟温度跟实验温度不一致。想请大牛帮分析一下分子动力学的缺点或者给几篇文献作为佐证。谢谢 |
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 分子动力学 | 分子模拟 | Materials Studio | 分子模拟 |
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【答案】应助回帖
cenwanglai: 模拟EPI+1 2014-10-31 02:41:08
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我觉得问题问的很奇怪，帮助也很奇怪，找不到逻辑联系。 首先楼主你应该说说，实验温度多少，模拟温度多少，差多少，你到底是因为什么没有设置与实验一致的温度？ 如果差不太多，那问题不大。一般来说，如果预平衡阶段的运行时间不充分，或者恒温不充分，那么就会造成势能向动能的转化，最终平均温度就会偏高。但是，如果高的不多，那么对结果没有影响，你可以就此如实说明一下，审稿人也不会太为难你。 如果差太多，那么你拿模拟结果去解释实验现象就需要谨慎，需要估计一下你所要研究的性质在这么一个温度差别之下，是否会有本质不同。如果没有本质不同，那就回复审稿人，此温差明显，但不改变定性结论。如果此温差可能造成结论的定性差别，那你说破天也没用，最好重新跑模拟。 |
6楼2014-10-30 08:18:33
abinitio
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【答案】应助回帖
感谢参与，应助指数 +1
|
被问到这个问题是正常的，一般来说，模拟的体系是一个没有界面，没有缺陷的理想晶体，因此，会存在过热现象。另外，势函数也会影响模拟的熔点值。 可参考以下文献： Zhang, S. L. et al. Phys. B Condens. Matter 406, 2637–2641 (2011). L. Han, Q. An, R. Fu, L. Zheng, S. Luo.Phys. B: Condens. Matter, 405 (2010), p. 748 P. Buffat, J. Borel.Phys. Rev. A, 13 (1976), p. 2287 A. Kuksin, et al. Comput. Phys. Commun., 177 (2007), p. 34 |
2楼2014-10-29 08:19:55
3楼2014-10-29 12:05:22
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4楼2014-10-29 14:31:19
