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genedemon773银虫 (初入文坛)
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[交流]
【求助】蛋白分子同源模建后，做能量最小化真的很重要吗？
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如题 在下最近模建了一个单抗结构，看到以前某个来历不是很清楚的ppt上介绍要用Gromacs之类的做能量最小化和分子动力学模拟 而我没用过gromacs于是就用NAMD加了个非周期性边界条件，做了能量最小化和平衡 但是我还是不太了解，这个真的是必要步骤吗？ 请各位多多指点 [ Last edited by lei0736 on 2008-5-3 at 21:51 ] |
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刚刚收到Zdock的开发者回复的邮件： we usually use rosetta for sidechain prepacking before peform docking with zdock when we use homology modeled protein structures. (From my experience, charmm is not really effective for sidechain repacking with one molecule.) 我现在有点迷茫，做完同源模建后，又做了蛋白结构检验（procheck之类），做了能量最小化，做对接，预测结合位点（有相应的在线工具），还能从哪些方面去研究蛋白分子上重要的结构域或残基？ |
7楼2008-05-03 20:59:20
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8楼2008-05-03 21:19:10
9楼2008-05-04 06:29:08
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To jilinjohn: 我当初问他们的问题是：The receptor file was download from PDB and the ligand file was modelled by the Homology modelling program Modeller.What I want to ask is,should I perform an EM(energy minimization) and/or MD(Molecular dynamics,such as equilibrium) to the receptor and/or ligand by NAMD or CHARMm before running Zdock?I was wondering whether doing this can make the result better or not. 是说在运行Zdock以前要不要先做能量最小化和平衡让结果准确些。 To sunmuer： 感谢你的建议。但是我还是有点困惑，进行MM之后，得到的结果是不是直接用于对接就OK了呢？或者同时用研究蛋白interaction的在线工具进行分析？ 其实我之前是研究核酸的，现在转到蛋白方面还真的有点不习惯，尤其做完了同源模建之后下面应该怎么一步步做下去还真不了解 而且现在我做完Zdock之后，得到的只是一个得分最高的复合物结构，可是我如果想准确分析出对接时起关键作用的残基，并且以比较直观的方式显示出来，可有什么办法？ |
10楼2008-05-04 08:57:46