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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » 【求助】蛋白分子同源模建后，做能量最小化真的很重要吗？
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genedemon773

银虫 (初入文坛)

[交流] 【求助】蛋白分子同源模建后，做能量最小化真的很重要吗？

如题
在下最近模建了一个单抗结构，看到以前某个来历不是很清楚的ppt上介绍要用Gromacs之类的做能量最小化和分子动力学模拟

而我没用过gromacs于是就用NAMD加了个非周期性边界条件，做了能量最小化和平衡

但是我还是不太了解，这个真的是必要步骤吗？

请各位多多指点

[ Last edited by lei0736 on 2008-5-3 at 21:51 ]
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小猪吃小鱼
1楼 2008-05-02 17:11:12
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sunmuer

木虫 (小有名气)
★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢
引用回帖:
Originally posted by genedemon773 at 2008-5-3 20:59:
刚刚收到Zdock的开发者回复的邮件：
we usually use rosetta for sidechain prepacking before peform docking with zdock when we use homology modeled protein structures. (From my experience, charmm is n ...

1.做最小化的目的：你model的结构是个粗糙的结构，在某些地方会存在结构不合理的地方，即使你用Procheck等软件检测过（这些软件只是打分软件，并不会改变分子结构）。因此需要进行MM来优化一下。
2.蛋白蛋白对接需要考虑什么：一方面是考虑对接的位点内AA的相互作用，另外一个方面是不是还要考虑蛋白功能域的相互影响？
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出清水而不染
9楼2008-05-04 06:29:08
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saitou

木虫 (正式写手)
★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢
做模建又不是为了装装样子，模拟都要从最小化开始，这也是其他模拟里的基本步骤之一。
如果只是要看看蛋白长什么样儿，那省也就省了，又不是火眼金睛。但是不能动也不能量化的模型有什么用呢
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不抛弃，不放弃
2楼2008-05-03 00:31:16
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genedemon773

银虫 (初入文坛)
多谢saitou的回复
其实我主要是有点不明白以下两个问题：
（1）在做蛋白——蛋白对接之前，受体和配体分子是否都要进行能量最小化？
（2）做完同源模建后，又做了蛋白结构检验（procheck之类），做了能量最小化，做对接，预测结合位点（有相应的在线工具），还能从哪些方面去研究蛋白分子上重要的结构域或残基？

P.S.
我模建的分子是一个单抗
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小猪吃小鱼
3楼2008-05-03 09:38:05
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luai071

木虫 (著名写手)
★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢
做动力学模拟要看情况罢，不过一般模建出来的都会经过最小化的，比如Discover、InsightII等。个人认为同源模建的蛋白质结构如用来做对接，那么应该选用柔性对接，甚至直接用动力学研究它和配体的作用，这样可能得到的结果更接近真实。
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4楼2008-05-03 11:35:05
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