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genedemon773

银虫 (初入文坛)

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[交流] 【求助】蛋白分子同源模建后，做能量最小化真的很重要吗？

如题
在下最近模建了一个单抗结构，看到以前某个来历不是很清楚的ppt上介绍要用Gromacs之类的做能量最小化和分子动力学模拟

而我没用过gromacs于是就用NAMD加了个非周期性边界条件，做了能量最小化和平衡

但是我还是不太了解，这个真的是必要步骤吗？

请各位多多指点

[ Last edited by lei0736 on 2008-5-3 at 21:51 ]

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小猪吃小鱼

1楼 2008-05-02 17:11:12

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genedemon773

银虫 (初入文坛)

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多谢saitou的回复
其实我主要是有点不明白以下两个问题：
（1）在做蛋白——蛋白对接之前，受体和配体分子是否都要进行能量最小化？
（2）做完同源模建后，又做了蛋白结构检验（procheck之类），做了能量最小化，做对接，预测结合位点（有相应的在线工具），还能从哪些方面去研究蛋白分子上重要的结构域或残基？

P.S.
我模建的分子是一个单抗