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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » 【求助】蛋白分子同源模建后，做能量最小化真的很重要吗？
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jilinjohn

至尊木虫 (著名写手)
★ ★ ★
lei0736(金币+3,VIP+0):谢谢 鼓励新人
哦 明白了 呵呵 zdock开发者的意思我理解是他们一般模件蛋白用的是riosetta,他们应该是做了能量优化，因为他后面补充的是根据他个人的意见，charmm立场对于sidechain prepacking的优化并不是太好。

一般而言PDB直接抽出来做MM就可以了，但是模件出来的蛋白，一般的程序就是先做MM，再做MD，原因summer说了呵呵。

因为没摸过ZDOCK，所以对于蛋白质相互作用不是很清楚。但是残基之间的相互作用一般而言就是VDW，静电，氢键之类的弱相互作用吧。直观的显示方式可以用可视化的三维结构显示软件啊呵呵

个人意见 仅供参考呵呵
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http://emuch.net/bbs/viewthread.php?tid=696776&view=old
11楼2008-05-04 16:34:41
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genedemon773

银虫 (初入文坛)
谢谢楼上的回答
1.我自己没有用过Rosetta，自己有种观点认为从头预测比较适合小肽
我自己模建用的是Modeller，请用过Rosetta的虫友说说，如果用了Modeller建模，之后还可以用Rosetta进行sidechain prepacking吗

2.可视化的三维结构显示软件我手上有好几个，用的最多的是VMD，但是貌似做相互作用分析的话比较好的是Pymol，只是时间紧，一下子没空去看它的manual了
不过我还是想知道在得到对接复合物的情况下，如何进行相互作用分析

3.现在还要做ScFV抗体模建，看文献中……
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小猪吃小鱼
12楼2008-05-04 20:04:06
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bioinflab

银虫 (小有名气)
谢谢几位精彩的讨论
欢迎继续
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13楼2008-05-19 00:47:34
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