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genedemon773

银虫 (初入文坛)

[交流] 【求助】蛋白分子同源模建后,做能量最小化真的很重要吗?

如题
在下最近模建了一个单抗结构,看到以前某个来历不是很清楚的ppt上介绍要用Gromacs之类的做能量最小化和分子动力学模拟

而我没用过gromacs于是就用NAMD加了个非周期性边界条件,做了能量最小化和平衡

但是我还是不太了解,这个真的是必要步骤吗?

请各位多多指点

[ Last edited by lei0736 on 2008-5-3 at 21:51 ]
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小猪吃小鱼
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genedemon773

银虫 (初入文坛)

谢谢楼上的回答
1.我自己没有用过Rosetta,自己有种观点认为从头预测比较适合小肽
我自己模建用的是Modeller,请用过Rosetta的虫友说说,如果用了Modeller建模,之后还可以用Rosetta进行sidechain prepacking吗

2.可视化的三维结构显示软件我手上有好几个,用的最多的是VMD,但是貌似做相互作用分析的话比较好的是Pymol,只是时间紧,一下子没空去看它的manual了
不过我还是想知道在得到对接复合物的情况下,如何进行相互作用分析

3.现在还要做ScFV抗体模建,看文献中……
小猪吃小鱼
12楼2008-05-04 20:04:06
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saitou

木虫 (正式写手)

★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢
做模建又不是为了装装样子,模拟都要从最小化开始,这也是其他模拟里的基本步骤之一。
如果只是要看看蛋白长什么样儿,那省也就省了,又不是火眼金睛。但是不能动也不能量化的模型有什么用呢
不抛弃,不放弃
2楼2008-05-03 00:31:16
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genedemon773

银虫 (初入文坛)

多谢saitou的回复
其实我主要是有点不明白以下两个问题:
(1)在做蛋白——蛋白对接之前,受体和配体分子是否都要进行能量最小化?
(2)做完同源模建后,又做了蛋白结构检验(procheck之类),做了能量最小化,做对接,预测结合位点(有相应的在线工具),还能从哪些方面去研究蛋白分子上重要的结构域或残基?

P.S.
我模建的分子是一个单抗
小猪吃小鱼
3楼2008-05-03 09:38:05
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luai071

木虫 (著名写手)

★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢
做动力学模拟要看情况罢,不过一般模建出来的都会经过最小化的,比如Discover、InsightII等。个人认为同源模建的蛋白质结构如用来做对接,那么应该选用柔性对接,甚至直接用动力学研究它和配体的作用,这样可能得到的结果更接近真实。
4楼2008-05-03 11:35:05
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