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genedemon773银虫 (初入文坛)
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[交流]
【求助】蛋白分子同源模建后，做能量最小化真的很重要吗？
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如题 在下最近模建了一个单抗结构，看到以前某个来历不是很清楚的ppt上介绍要用Gromacs之类的做能量最小化和分子动力学模拟 而我没用过gromacs于是就用NAMD加了个非周期性边界条件，做了能量最小化和平衡 但是我还是不太了解，这个真的是必要步骤吗？ 请各位多多指点 [ Last edited by lei0736 on 2008-5-3 at 21:51 ] |
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genedemon773
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刚刚收到Zdock的开发者回复的邮件： we usually use rosetta for sidechain prepacking before peform docking with zdock when we use homology modeled protein structures. (From my experience, charmm is not really effective for sidechain repacking with one molecule.) 我现在有点迷茫，做完同源模建后，又做了蛋白结构检验（procheck之类），做了能量最小化，做对接，预测结合位点（有相应的在线工具），还能从哪些方面去研究蛋白分子上重要的结构域或残基？ |
7楼2008-05-03 20:59:20
saitou
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