24小时热门版块排行榜    

查看: 1617  |  回复: 12
当前主题已经存档。
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

genedemon773

银虫 (初入文坛)

[交流] 【求助】蛋白分子同源模建后,做能量最小化真的很重要吗?

如题
在下最近模建了一个单抗结构,看到以前某个来历不是很清楚的ppt上介绍要用Gromacs之类的做能量最小化和分子动力学模拟

而我没用过gromacs于是就用NAMD加了个非周期性边界条件,做了能量最小化和平衡

但是我还是不太了解,这个真的是必要步骤吗?

请各位多多指点

[ Last edited by lei0736 on 2008-5-3 at 21:51 ]
回复此楼
小猪吃小鱼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jilinjohn

至尊木虫 (著名写手)


lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢
那如果你做刚性对接的话,那能量最小化我想就更加有必要了,因为你只能有一个合理的结构那对接的结果的合理性才能值得考虑呵呵
http://emuch.net/bbs/viewthread.php?tid=696776&view=old
6楼2008-05-03 20:16:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 13 个回答

saitou

木虫 (正式写手)

★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢
做模建又不是为了装装样子,模拟都要从最小化开始,这也是其他模拟里的基本步骤之一。
如果只是要看看蛋白长什么样儿,那省也就省了,又不是火眼金睛。但是不能动也不能量化的模型有什么用呢
不抛弃,不放弃
2楼2008-05-03 00:31:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

genedemon773

银虫 (初入文坛)

多谢saitou的回复
其实我主要是有点不明白以下两个问题:
(1)在做蛋白——蛋白对接之前,受体和配体分子是否都要进行能量最小化?
(2)做完同源模建后,又做了蛋白结构检验(procheck之类),做了能量最小化,做对接,预测结合位点(有相应的在线工具),还能从哪些方面去研究蛋白分子上重要的结构域或残基?

P.S.
我模建的分子是一个单抗
小猪吃小鱼
3楼2008-05-03 09:38:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

luai071

木虫 (著名写手)

★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢
做动力学模拟要看情况罢,不过一般模建出来的都会经过最小化的,比如Discover、InsightII等。个人认为同源模建的蛋白质结构如用来做对接,那么应该选用柔性对接,甚至直接用动力学研究它和配体的作用,这样可能得到的结果更接近真实。
4楼2008-05-03 11:35:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[有机交流] 各位大神,目前国内有哪些比较好用的逆合成软件? 20+3 zapen 2026-09-15 7/350 2026-09-17 16:40 by 北京莱茵编辑
[考研] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 5BDX0d0WFp7t 2026-09-15 3/150 2026-09-17 16:27 by 0ngsZVSCTS7z
[硕博家园] 售SCI一区文章,我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 mibUvS8DDCwf 2026-09-15 3/150 2026-09-17 16:03 by 0ngsZVSCTS7z
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +4 23jxep3nCNZb 2026-09-14 4/200 2026-09-17 13:51 by ObVzqQQh1rrE
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +6 23jxep3nCNZb 2026-09-14 6/300 2026-09-17 13:27 by ObVzqQQh1rrE
[硕博家园] 售SCI一区文章,我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +4 yaCh4X3wd045 2026-09-14 4/200 2026-09-17 13:17 by ObVzqQQh1rrE
[找工作] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 mibUvS8DDCwf 2026-09-15 4/200 2026-09-17 06:26 by k06BKNblrGRH
[硕博家园] 售SCI文章,我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +3 vZfe6xYu34yj 2026-09-14 3/150 2026-09-17 05:16 by k06BKNblrGRH
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 40ms4Wlo4umh 2026-09-14 3/150 2026-09-17 04:16 by k06BKNblrGRH
[找工作] 售SCI一区文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +4 23jxep3nCNZb 2026-09-14 4/200 2026-09-17 04:04 by k06BKNblrGRH
[考研] 售SCI文章,我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +6 6F5UbRU2I5hL 2026-09-14 6/300 2026-09-17 03:14 by Tql5LQhh5rLK
[考研] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +7 3n8v2C8RimXI 2026-09-13 8/400 2026-09-17 01:38 by Tql5LQhh5rLK
[考研] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +5 s3fFTmArrBt6 2026-09-14 5/250 2026-09-16 19:15 by rRvxEj3zorCy
[公派出国] 售SCI一区T0P文章,我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +8 QUjhNVAcOSff 2026-09-13 11/550 2026-09-16 18:37 by rRvxEj3zorCy
[公派出国] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 6F5UbRU2I5hL 2026-09-14 3/150 2026-09-16 17:12 by i3KBRD19ERkG
[考研] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +4 s3fFTmArrBt6 2026-09-13 6/300 2026-09-16 16:00 by i3KBRD19ERkG
[找工作] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +4 QUjhNVAcOSff 2026-09-13 6/300 2026-09-16 14:27 by i3KBRD19ERkG
[考博] 售SCI文章,我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +7 3n8v2C8RimXI 2026-09-13 7/350 2026-09-16 02:35 by DgNGHc3h5tPl
[找工作] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +7 QUjhNVAcOSff 2026-09-13 8/400 2026-09-16 02:23 by DgNGHc3h5tPl
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +5 QUjhNVAcOSff 2026-09-13 5/250 2026-09-16 02:14 by DgNGHc3h5tPl
信息提示
请填处理意见