| 查看: 1618 | 回复: 12 | |||
| 当前主题已经存档。 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
genedemon773银虫 (初入文坛)
|
[交流]
【求助】蛋白分子同源模建后，做能量最小化真的很重要吗？
|
||
|
如题 在下最近模建了一个单抗结构，看到以前某个来历不是很清楚的ppt上介绍要用Gromacs之类的做能量最小化和分子动力学模拟 而我没用过gromacs于是就用NAMD加了个非周期性边界条件，做了能量最小化和平衡 但是我还是不太了解，这个真的是必要步骤吗？ 请各位多多指点 [ Last edited by lei0736 on 2008-5-3 at 21:51 ] |
回复此楼» 猜你喜欢
深圳理工大学-深圳大学联合培养项目2027年接收推荐免试研究生
已经有2人回复
-
铁离子电池求助
已经有0人回复
-
物理化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有253人回复
-
想问为什么自制半电池循环只有50圈？
已经有0人回复
-
硕士研究生全国统考 英语二真题合集
已经有0人回复
-
2027年申博自荐信
已经有0人回复
-
电催化、芬顿、臭氧三大高级氧化工艺工程优缺点横向对比
已经有0人回复
-
西安交通大学 赵旭课题组 招收研究助理--电催化方向
已经有1人回复
-
西安交通大学 赵旭课题组 2026年招收博士后-电催化方向
已经有0人回复
-
Journal of Alloys and Compounds投稿过程
已经有2人回复
-
澳大利亚皇家墨尔本理工大学（RMIT）理学院招收2027博士生
已经有12人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
genedemon773
银虫 (初入文坛)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 239.6
- 帖子: 47
- 在线: 27.2小时
- 虫号: 553149
- 注册: 2008-05-02
- 性别: GG
- 专业: 生物信息学
|
To jilinjohn: 我当初问他们的问题是：The receptor file was download from PDB and the ligand file was modelled by the Homology modelling program Modeller.What I want to ask is,should I perform an EM(energy minimization) and/or MD(Molecular dynamics,such as equilibrium) to the receptor and/or ligand by NAMD or CHARMm before running Zdock?I was wondering whether doing this can make the result better or not. 是说在运行Zdock以前要不要先做能量最小化和平衡让结果准确些。 To sunmuer： 感谢你的建议。但是我还是有点困惑，进行MM之后，得到的结果是不是直接用于对接就OK了呢？或者同时用研究蛋白interaction的在线工具进行分析？ 其实我之前是研究核酸的，现在转到蛋白方面还真的有点不习惯，尤其做完了同源模建之后下面应该怎么一步步做下去还真不了解 而且现在我做完Zdock之后，得到的只是一个得分最高的复合物结构，可是我如果想准确分析出对接时起关键作用的残基，并且以比较直观的方式显示出来，可有什么办法？ |
10楼2008-05-04 08:57:46
saitou
木虫 (正式写手)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 1506.5
- 散金: 8
- 帖子: 820
- 在线: 37.2小时
- 虫号: 464761
- 注册: 2007-11-21
- 性别: GG
- 专业: 水环境与生态水利
2楼2008-05-03 00:31:16
genedemon773
银虫 (初入文坛)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 239.6
- 帖子: 47
- 在线: 27.2小时
- 虫号: 553149
- 注册: 2008-05-02
- 性别: GG
- 专业: 生物信息学
3楼2008-05-03 09:38:05
luai071
木虫 (著名写手)
- 应助: 2 (幼儿园)
- 金币: 3000.5
- 散金: 100
- 红花: 1
- 帖子: 1348
- 在线: 126.8小时
- 虫号: 351005
- 注册: 2007-04-21
- 专业: 合成药物化学
4楼2008-05-03 11:35:05
