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genedemon773银虫 (初入文坛)
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[交流]
【求助】蛋白分子同源模建后，做能量最小化真的很重要吗？
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如题 在下最近模建了一个单抗结构，看到以前某个来历不是很清楚的ppt上介绍要用Gromacs之类的做能量最小化和分子动力学模拟 而我没用过gromacs于是就用NAMD加了个非周期性边界条件，做了能量最小化和平衡 但是我还是不太了解，这个真的是必要步骤吗？ 请各位多多指点 [ Last edited by lei0736 on 2008-5-3 at 21:51 ] |
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To jilinjohn: 我当初问他们的问题是：The receptor file was download from PDB and the ligand file was modelled by the Homology modelling program Modeller.What I want to ask is,should I perform an EM(energy minimization) and/or MD(Molecular dynamics,such as equilibrium) to the receptor and/or ligand by NAMD or CHARMm before running Zdock?I was wondering whether doing this can make the result better or not. 是说在运行Zdock以前要不要先做能量最小化和平衡让结果准确些。 To sunmuer： 感谢你的建议。但是我还是有点困惑，进行MM之后，得到的结果是不是直接用于对接就OK了呢？或者同时用研究蛋白interaction的在线工具进行分析？ 其实我之前是研究核酸的，现在转到蛋白方面还真的有点不习惯，尤其做完了同源模建之后下面应该怎么一步步做下去还真不了解 而且现在我做完Zdock之后，得到的只是一个得分最高的复合物结构，可是我如果想准确分析出对接时起关键作用的残基，并且以比较直观的方式显示出来，可有什么办法？ |
10楼2008-05-04 08:57:46
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