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Xingxin-Kang

新虫 (初入文坛)

[求助] 利用autodock对接时,配体的PDBQT文件出现的问题 已有1人参与

在用autodock做对接时,配体小分子从pdb格式转换到pdbqt格式时,其中的键会断开来,使得一个完整的结构,变成两个部分,是什么原因?还有pdbqt格式在导入autodock时出错,是怎么回事儿?
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pymol

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【答案】应助回帖

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Xingxin-Kang: 金币+2, 有帮助 2014-10-16 09:27:30
用chenidraw或者高斯软件优化一下小分子结构,优化好了就不会出现这个问题了
2楼2014-10-15 14:14:23
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Xingxin-Kang

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by pymol at 2014-10-15 14:14:23
用chenidraw或者高斯软件优化一下小分子结构,优化好了就不会出现这个问题了

我先优化过了的,再到autodock里面去去水,分配电荷,寻找根原子,和旋转键的呀。但是,我在优化小分子时,我只是计算了最小能量,你说的优化结构还有其他的方面吗?
3楼2014-10-16 09:25:55
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pymol

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【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by Xingxin-Kang at 2014-10-16 09:25:55
我先优化过了的,再到autodock里面去去水,分配电荷,寻找根原子,和旋转键的呀。但是,我在优化小分子时,我只是计算了最小能量,你说的优化结构还有其他的方面吗?...

做做动力学优化或者MM94等优化结构
4楼2014-10-16 15:11:24
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Xingxin-Kang

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by pymol at 2014-10-16 15:11:24
做做动力学优化或者MM94等优化结构...

可以既用MM2立场优化,也用MM94等优化配体,再去对接吗?
5楼2014-10-16 15:33:46
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