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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 利用autodock对接时，配体的PDBQT文件出现的问题
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Xingxin-Kang

新虫 (初入文坛)

[求助] 利用autodock对接时，配体的PDBQT文件出现的问题已有1人参与

在用autodock做对接时，配体小分子从pdb格式转换到pdbqt格式时，其中的键会断开来，使得一个完整的结构，变成两个部分，是什么原因？还有pdbqt格式在导入autodock时出错，是怎么回事儿？
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1楼2014-10-14 23:25:47
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pymol

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【答案】应助回帖

★ ★
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Xingxin-Kang: 金币+2, ★有帮助 2014-10-16 09:27:30
用chenidraw或者高斯软件优化一下小分子结构，优化好了就不会出现这个问题了
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2楼2014-10-15 14:14:23
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Xingxin-Kang

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by pymol at 2014-10-15 14:14:23
用chenidraw或者高斯软件优化一下小分子结构，优化好了就不会出现这个问题了

我先优化过了的，再到autodock里面去去水，分配电荷，寻找根原子，和旋转键的呀。但是，我在优化小分子时，我只是计算了最小能量，你说的优化结构还有其他的方面吗？
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3楼2014-10-16 09:25:55
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pymol

捐助贵宾 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by Xingxin-Kang at 2014-10-16 09:25:55
我先优化过了的，再到autodock里面去去水，分配电荷，寻找根原子，和旋转键的呀。但是，我在优化小分子时，我只是计算了最小能量，你说的优化结构还有其他的方面吗？...

做做动力学优化或者MM94等优化结构
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4楼2014-10-16 15:11:24
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Xingxin-Kang

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by pymol at 2014-10-16 15:11:24
做做动力学优化或者MM94等优化结构...

可以既用MM2立场优化，也用MM94等优化配体，再去对接吗？
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5楼2014-10-16 15:33:46
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