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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » Electron density difference 的sets of atoms 什么意思
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starrywang

新虫 (正式写手)

[求助] Electron density difference 的sets of atoms 什么意思 已有1人参与

如题，我知道如何设置sets of atoms ，但是不知道这个是什么意思，算出来的结果我也看不懂，好像有两个单独的castep文件。

另外求教一下下面的图怎么画。该文计算了表面有无吸附物前后的电荷差，然后画出图形。请问，这个电荷是通过什么得到的，光是population的数据是画不出来的吧。
Electron density difference 的sets of atoms 什么意思
Electron density difference 的sets of atoms 什么意思-1
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差分电荷密度 计算化学

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1楼 2014-09-30 16:54:13
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卡开发发

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franch: 金币+4, 谢谢回帖交流。。。 2014-10-06 23:25:29
差分电荷密度（二次差分，两片段间相互作用前后的电荷密度差）需要指定两个片段具体是那些原子。

差分电荷的定义是△ρ(AB)=ρ(AB)-ρ(A)-ρ(B)，其中ρ(A)、ρ(B)分别都是维持体系AB中A和B的构型，但是体系中，A具体由哪些原子，B具体由哪些原子构成，这个就要指定，set就是指定这个。

如果我们知道了上述定义，那么其实手工计算差分电荷也是可以实现的。只是本人对CASTEP输出的check文件实在是破解不能。。。有个工具叫check2xsf似乎可以转化成cub或是其他格式，这样也许可以输出文本文件用origin作图。如果不限定作图方式，可以通过在MS下建立Slice调整大小后直接截图即可。
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2楼2014-09-30 21:05:59
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starrywang

新虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 卡开发发 at 2014-09-30 21:05:59
差分电荷密度（二次差分，两片段间相互作用前后的电荷密度差）需要指定两个片段具体是那些原子。

差分电荷的定义是△ρ(AB)=ρ(AB)-ρ(A)-ρ(B)，其中ρ(A)、ρ(B)分别都是维持体系AB中A和B的构型，但是体系中， ...

我知道了，sets of atoms定义的叫分子片段，剩余的部分肯能认为是另一个部分。计算electron density difference时，可以计算出这两个或多个部分组合和分离前后的电荷密度差，也就是我前面给的图。是这个意思吧。不过我有个小疑问，分子片段间分开后，各个片段构型是不变的，而真实情况则是各个片段发生吸附或反应前后，构型是发生变化的。那这样得到的电荷差还有什么意思，比的不是真实过程的前后？

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3楼2014-09-30 22:56:13
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卡开发发

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franch: 金币+3, 谢谢回帖交流。。。 2014-10-06 23:25:35
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3楼: Originally posted by starrywang at 2014-09-30 22:56:13
我知道了，sets of atoms定义的叫分子片段，剩余的部分肯能认为是另一个部分。计算electron density difference时，可以计算出这两个或多个部分组合和分离前后的电荷密度差，也就是我前面给的图。是这个意思吧。不 ...

对。

差分电荷主要描述的是两个片段间相互作用中电子态的变化，不包括核结构变化导致电子的弛豫，体现的是两片段相互作用前后电荷的聚集与发散，以及电荷的偏向。当然也可以和布居分析联系起来。
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5楼2014-10-01 00:01:12
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卡开发发

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franch: 金币+4, 谢谢回帖交流。。。 2014-10-06 23:25:39
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4楼: Originally posted by starrywang at 2014-09-30 23:04:30
另外还有两个小问题，1～构型比较立体，无法单看某个面，这样怎么可以很好的表现出小范围的体的电荷情况。2～是不是用population计算直接比较反应物和产物的原子电荷，得到的是反应前后的电荷移动；用electron den ...

1、你可尝试做差分电荷的等值面，类似于电荷密度或前线轨道的等值面那样，然后选择合适的角度截图。
2、electron density difference就可以直接大致判断共价、离子性的特征。布居分析是分析原子电荷的。估计电荷偏向除了布居分析也可以通过电负性均衡原理。

布居分析多种多样，没啥统一性。常规的布居分析操作从简单的例子来看，两原子成键，一部分电荷几乎维持原来的状态，一部分游离于两原子间，这些被共用的电子按照布局分析按一定人为形式划分归属到某个原子，有时候未必完全具有合理性，但容易定量化，对应着电荷密度分布。
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6楼2014-10-01 00:22:31
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starrywang

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franch: 金币+3, 谢谢回帖交流。。。 2014-10-06 23:27:15
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19楼: Originally posted by 一川烟草 at 2014-10-03 17:08:36
一选sets of atoms就提示这个，没办法了~

...

终于到我等菜鸡上场的时候了。
edit→edit sets→选中要定义的分子片段→new→命名中需要包含 DensityDifference （你的弹出警示框就是说你set的分子片段名称没有这个DensityDifference）。
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20楼2014-10-03 19:15:41
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卡开发发

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18楼: Originally posted by 一川烟草 at 2014-10-03 16:57:48
请问怎么设置sets of atoms呢？因为选这项后好像还要set一下，但找不到地方…
...

楼上正解，指定片段必须叫DensityDifference
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21楼2014-10-03 19:47:37
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卡开发发

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23楼: Originally posted by 一川烟草 at 2014-10-03 20:53:01
灰常感谢！

还有个问题求教大侠，就是怎么把*.check转换成cube格式以备后续作图呢？...

木虫论坛有个叫check2xsf的插件，http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=5406515&fpage=1&target=blank
你可以下载后（源码的话要编译），之后按照使用说明转换格式即可。对于*.check格式本身是加密的，我就不了解了。另外check文件本身是隐藏的（没记错的话）。
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24楼2014-10-03 21:02:58
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starrywang

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2楼: Originally posted by 卡开发发 at 2014-09-30 21:05:59
差分电荷密度（二次差分，两片段间相互作用前后的电荷密度差）需要指定两个片段具体是那些原子。

差分电荷的定义是△ρ(AB)=ρ(AB)-ρ(A)-ρ(B)，其中ρ(A)、ρ(B)分别都是维持体系AB中A和B的构型，但是体系中， ...

另外还有两个小问题，1～构型比较立体，无法单看某个面，这样怎么可以很好的表现出小范围的体的电荷情况。2～是不是用population计算直接比较反应物和产物的原子电荷，得到的是反应前后的电荷移动；用electron density difference计算得到的先用电荷密度分布看共价键，再用电荷密度差分看离子键？

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4楼2014-09-30 23:04:30
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starrywang

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6楼: Originally posted by 卡开发发 at 2014-10-01 00:22:31
1、你可尝试做差分电荷的等值面，类似于电荷密度或前线轨道的等值面那样，然后选择合适的角度截图。
2、electron density difference就可以直接大致判断共价、离子性的特征。布居分析是分析原子电荷的。估计电荷偏 ...

太感谢了，讲的非常详细，解决了我的很多疑惑。虽然我还有其他的一些小疑惑，后面再谈！先给赞！！！！

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7楼2014-10-01 00:32:29
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dxcharlary

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starrywang(fzx2008代发): 金币+2, 谢谢指导 2014-10-02 21:51:20
franch: 金币+3, 谢谢回帖交流。。。 2014-10-06 23:25:53
在化学里面有个词叫basis set翻译过来叫基组。这里面也是这个意思，指的是单原子的轨道函数。
楼主说的就是电荷密度的一些加加减减，这个现成的MS是做不了的。推荐vasp。处理一下CHGCAR就行了。
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8楼2014-10-02 19:19:38
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卡开发发

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8楼: Originally posted by dxcharlary at 2014-10-02 19:19:38
在化学里面有个词叫basis set翻译过来叫基组。这里面也是这个意思，指的是单原子的轨道函数。
楼主说的就是电荷密度的一些加加减减，这个现成的MS是做不了的。推荐vasp。处理一下CHGCAR就行了。

前辈，CASTEP能直接做，两个片段需指定一个片段叫"DensityDifference"即可，然后一次差分和二次差分都能做。
Dmol3能做一次差分，二次差分通过手工对grd文件也可完成。
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9楼2014-10-02 20:42:35
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dxcharlary

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9楼: Originally posted by 卡开发发 at 2014-10-02 20:42:35
前辈，CASTEP能直接做，两个片段需指定一个片段叫"DensityDifference"即可，然后一次差分和二次差分都能做。
Dmol3能做一次差分，二次差分通过手工对grd文件也可完成。...

我不清楚CASTEP能对电荷密度进行操作，有可能是新版本功能。不过原来只能做单个原子的差分电荷密度。
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10楼2014-10-02 21:30:18
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