应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » Electron density difference 的sets of atoms 什么意思
51/1返回列表
查看: 3738  |  回复: 28
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

starrywang

新虫 (正式写手)

[求助] Electron density difference 的sets of atoms 什么意思 已有1人参与

如题，我知道如何设置sets of atoms ，但是不知道这个是什么意思，算出来的结果我也看不懂，好像有两个单独的castep文件。

另外求教一下下面的图怎么画。该文计算了表面有无吸附物前后的电荷差，然后画出图形。请问，这个电荷是通过什么得到的，光是population的数据是画不出来的吧。
Electron density difference 的sets of atoms 什么意思
Electron density difference 的sets of atoms 什么意思-1
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

差分电荷密度 计算化学

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2014-09-30 16:54:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur
★ ★ ★
franch: 金币+3, 谢谢回帖交流。。。 2014-10-06 23:25:35
引用回帖:
3楼: Originally posted by starrywang at 2014-09-30 22:56:13
我知道了，sets of atoms定义的叫分子片段，剩余的部分肯能认为是另一个部分。计算electron density difference时，可以计算出这两个或多个部分组合和分离前后的电荷密度差，也就是我前面给的图。是这个意思吧。不 ...

对。

差分电荷主要描述的是两个片段间相互作用中电子态的变化，不包括核结构变化导致电子的弛豫，体现的是两片段相互作用前后电荷的聚集与发散，以及电荷的偏向。当然也可以和布居分析联系起来。
赞一下(1人) 回复此楼
不一定挂在论坛，计算问题问题欢迎留言。
5楼2014-10-01 00:01:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 29 个回答

卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur
★ ★ ★ ★
franch: 金币+4, 谢谢回帖交流。。。 2014-10-06 23:25:29
差分电荷密度（二次差分，两片段间相互作用前后的电荷密度差）需要指定两个片段具体是那些原子。

差分电荷的定义是△ρ(AB)=ρ(AB)-ρ(A)-ρ(B)，其中ρ(A)、ρ(B)分别都是维持体系AB中A和B的构型，但是体系中，A具体由哪些原子，B具体由哪些原子构成，这个就要指定，set就是指定这个。

如果我们知道了上述定义，那么其实手工计算差分电荷也是可以实现的。只是本人对CASTEP输出的check文件实在是破解不能。。。有个工具叫check2xsf似乎可以转化成cub或是其他格式，这样也许可以输出文本文件用origin作图。如果不限定作图方式，可以通过在MS下建立Slice调整大小后直接截图即可。
赞一下(1人) 回复此楼
不一定挂在论坛，计算问题问题欢迎留言。
2楼2014-09-30 21:05:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

starrywang

新虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 卡开发发 at 2014-09-30 21:05:59
差分电荷密度（二次差分，两片段间相互作用前后的电荷密度差）需要指定两个片段具体是那些原子。

差分电荷的定义是△ρ(AB)=ρ(AB)-ρ(A)-ρ(B)，其中ρ(A)、ρ(B)分别都是维持体系AB中A和B的构型，但是体系中， ...

我知道了，sets of atoms定义的叫分子片段，剩余的部分肯能认为是另一个部分。计算electron density difference时，可以计算出这两个或多个部分组合和分离前后的电荷密度差，也就是我前面给的图。是这个意思吧。不过我有个小疑问，分子片段间分开后，各个片段构型是不变的，而真实情况则是各个片段发生吸附或反应前后，构型是发生变化的。那这样得到的电荷差还有什么意思，比的不是真实过程的前后？

[ 发自小木虫客户端 ]
赞一下(1人) 回复此楼
3楼2014-09-30 22:56:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

starrywang

新虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 卡开发发 at 2014-09-30 21:05:59
差分电荷密度（二次差分，两片段间相互作用前后的电荷密度差）需要指定两个片段具体是那些原子。

差分电荷的定义是△ρ(AB)=ρ(AB)-ρ(A)-ρ(B)，其中ρ(A)、ρ(B)分别都是维持体系AB中A和B的构型，但是体系中， ...

另外还有两个小问题，1～构型比较立体，无法单看某个面，这样怎么可以很好的表现出小范围的体的电荷情况。2～是不是用population计算直接比较反应物和产物的原子电荷，得到的是反应前后的电荷移动；用electron density difference计算得到的先用电荷密度分布看共价键，再用电荷密度差分看离子键？

[ 发自小木虫客户端 ]
赞一下 回复此楼
4楼2014-09-30 23:04:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 29 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 085404 293求调剂 +9 勇远库爱314 2026-04-08 9/450 2026-04-12 02:24 by 秋豆菜芽
[考研] 312求调剂 +6 李鸿飞飞 2026-04-06 6/300 2026-04-12 00:34 by 蓝云思雨
[考研] 266求调剂，一志愿哈工程电子信息，本科获多项国奖和省奖 +8 lumine1 2026-04-06 8/400 2026-04-11 18:35 by 逆水乘风
[考研] 求调剂 +6 archer.. 2026-04-09 8/400 2026-04-11 10:55 by zhq0425
[考研] 一志愿985机械学硕380求调剂 +5 关关雎鸠10 2026-04-11 5/250 2026-04-11 10:10 by 知念。A
[考研] 282，求调剂 +12 jggshjkkm 2026-04-09 14/700 2026-04-11 09:39 by 猪会飞
[考研] 一志愿0703化学招61最终排名62化学求调剂 +24 招61排名62 2026-04-07 28/1400 2026-04-10 16:15 by yx54321
[考研] 一志愿鲁东大学071000生物学学硕初试分数276求调剂 +20 慕绝cc 2026-04-09 24/1200 2026-04-10 10:22 by xujun0624
[考研] 生物学调剂，一志愿西南大学348，Top期刊一区二作、二区三作，三等奖学金三次 +4 candyyyi 2026-04-09 4/200 2026-04-09 18:39 by l_paradox
[考研] 本科郑州大学，一志愿华东师范大学282求调剂 +23 熊哥xtk 2026-04-07 26/1300 2026-04-09 17:17 by 18446523
[考研] 368化学求调剂 +13 wwwwabcde 2026-04-07 14/700 2026-04-09 14:47 by heaven_jay
[考研] 生物学学硕，初试351分，求调剂 +4 …～、王…～ 2026-04-08 5/250 2026-04-08 21:49 by limeifeng
[考研] 一志愿郑州大学085600求调剂 +21 吃的不少 2026-04-05 24/1200 2026-04-08 16:47 by sunhuadong
[考研] 312求调剂 +18 gtw1 2026-04-06 20/1000 2026-04-07 18:16 by 蓝云思雨
[考研] 生物学363调剂求助 +7 fanzhang6666 2026-04-06 9/450 2026-04-07 17:37 by lijunpoly
[考研] 生物学学硕求调剂：351分一志愿南京师范大学生物学专业 +6 …～、王…～ 2026-04-06 7/350 2026-04-06 18:54 by macy2011
[考研] （调剂）一志愿报考哈尔滨工业大学0857资源与环境专业378分考生 +7 狠狠加油 2026-04-05 8/400 2026-04-06 16:52 by momo皓
[考研] 331求调剂 +8 于征yz 2026-04-05 8/400 2026-04-06 00:54 by fmesaito
[考研] 348求调剂 +3 车厘子zzz 2026-04-05 3/150 2026-04-05 20:30 by 啵啵啵0119
[考研] 296求调剂 +3 汪！？！ 2026-04-05 4/200 2026-04-05 20:13 by 啵啵啵0119
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭