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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » Electron density difference 的sets of atoms 什么意思
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starrywang

新虫 (正式写手)

[求助] Electron density difference 的sets of atoms 什么意思 已有1人参与

如题，我知道如何设置sets of atoms ，但是不知道这个是什么意思，算出来的结果我也看不懂，好像有两个单独的castep文件。

另外求教一下下面的图怎么画。该文计算了表面有无吸附物前后的电荷差，然后画出图形。请问，这个电荷是通过什么得到的，光是population的数据是画不出来的吧。
Electron density difference 的sets of atoms 什么意思
Electron density difference 的sets of atoms 什么意思-1
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差分电荷密度 计算化学

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1楼 2014-09-30 16:54:13
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starrywang

新虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 卡开发发 at 2014-09-30 21:05:59
差分电荷密度（二次差分，两片段间相互作用前后的电荷密度差）需要指定两个片段具体是那些原子。

差分电荷的定义是△ρ(AB)=ρ(AB)-ρ(A)-ρ(B)，其中ρ(A)、ρ(B)分别都是维持体系AB中A和B的构型，但是体系中， ...

我知道了，sets of atoms定义的叫分子片段，剩余的部分肯能认为是另一个部分。计算electron density difference时，可以计算出这两个或多个部分组合和分离前后的电荷密度差，也就是我前面给的图。是这个意思吧。不过我有个小疑问，分子片段间分开后，各个片段构型是不变的，而真实情况则是各个片段发生吸附或反应前后，构型是发生变化的。那这样得到的电荷差还有什么意思，比的不是真实过程的前后？

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3楼2014-09-30 22:56:13
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starrywang

新虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 卡开发发 at 2014-09-30 21:05:59
差分电荷密度（二次差分，两片段间相互作用前后的电荷密度差）需要指定两个片段具体是那些原子。

差分电荷的定义是△ρ(AB)=ρ(AB)-ρ(A)-ρ(B)，其中ρ(A)、ρ(B)分别都是维持体系AB中A和B的构型，但是体系中， ...

另外还有两个小问题，1～构型比较立体，无法单看某个面，这样怎么可以很好的表现出小范围的体的电荷情况。2～是不是用population计算直接比较反应物和产物的原子电荷，得到的是反应前后的电荷移动；用electron density difference计算得到的先用电荷密度分布看共价键，再用电荷密度差分看离子键？

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4楼2014-09-30 23:04:30
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starrywang

新虫 (正式写手)
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6楼: Originally posted by 卡开发发 at 2014-10-01 00:22:31
1、你可尝试做差分电荷的等值面，类似于电荷密度或前线轨道的等值面那样，然后选择合适的角度截图。
2、electron density difference就可以直接大致判断共价、离子性的特征。布居分析是分析原子电荷的。估计电荷偏 ...

太感谢了，讲的非常详细，解决了我的很多疑惑。虽然我还有其他的一些小疑惑，后面再谈！先给赞！！！！

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7楼2014-10-01 00:32:29
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starrywang

新虫 (正式写手)
引用回帖:
9楼: Originally posted by 卡开发发 at 2014-10-02 20:42:35
前辈，CASTEP能直接做，两个片段需指定一个片段叫"DensityDifference"即可，然后一次差分和二次差分都能做。
Dmol3能做一次差分，二次差分通过手工对grd文件也可完成。...

弱问一次差分和二次差分分别指什么。

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12楼2014-10-03 01:10:40
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starrywang

新虫 (正式写手)
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13楼: Originally posted by 卡开发发 at 2014-10-03 08:28:16
形变电荷和差分电荷...

这两个在castep中分别对应的是什么选项？

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14楼2014-10-03 10:07:38
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starrywang

新虫 (正式写手)
引用回帖:
15楼: Originally posted by 卡开发发 at 2014-10-03 10:43:04
一次对应atomic densities
二次对应sets of atoms...

原来中文可以这么叫。感谢指点。最近做了几个电荷密度和差分的分布图，固体表面小分子吸附的。希望可以继续得到您指点。

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16楼2014-10-03 11:11:44
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starrywang

新虫 (正式写手)
★ ★ ★
franch: 金币+3, 谢谢回帖交流。。。 2014-10-06 23:27:15
引用回帖:
19楼: Originally posted by 一川烟草 at 2014-10-03 17:08:36
一选sets of atoms就提示这个，没办法了~

...

终于到我等菜鸡上场的时候了。
edit→edit sets→选中要定义的分子片段→new→命名中需要包含 DensityDifference （你的弹出警示框就是说你set的分子片段名称没有这个DensityDifference）。
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20楼2014-10-03 19:15:41
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starrywang

新虫 (正式写手)
引用回帖:
25楼: Originally posted by zhaobozhou at 2015-04-09 10:57:56
选中要定义的分子片段是什么意思？是要把晶胞里的所有原子都选中吗？...

电荷差分的意思懂了你就知道了。分子片段和体系其他部分组合和分开前后的电荷变化

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26楼2015-04-09 14:01:25
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