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starrywang

新虫 (正式写手)

[求助] Electron density difference 的sets of atoms 什么意思 已有1人参与

如题，我知道如何设置sets of atoms ，但是不知道这个是什么意思，算出来的结果我也看不懂，好像有两个单独的castep文件。

另外求教一下下面的图怎么画。该文计算了表面有无吸附物前后的电荷差，然后画出图形。请问，这个电荷是通过什么得到的，光是population的数据是画不出来的吧。
Electron density difference 的sets of atoms 什么意思
Electron density difference 的sets of atoms 什么意思-1
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差分电荷密度 计算化学

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1楼 2014-09-30 16:54:13
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卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur
引用回帖:
8楼: Originally posted by dxcharlary at 2014-10-02 19:19:38
在化学里面有个词叫basis set翻译过来叫基组。这里面也是这个意思，指的是单原子的轨道函数。
楼主说的就是电荷密度的一些加加减减，这个现成的MS是做不了的。推荐vasp。处理一下CHGCAR就行了。

前辈，CASTEP能直接做，两个片段需指定一个片段叫"DensityDifference"即可，然后一次差分和二次差分都能做。
Dmol3能做一次差分，二次差分通过手工对grd文件也可完成。
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不一定挂在论坛，计算问题问题欢迎留言。
9楼2014-10-02 20:42:35
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卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur
★ ★ ★ ★
franch: 金币+4, 谢谢回帖交流。。。 2014-10-06 23:25:29
差分电荷密度（二次差分，两片段间相互作用前后的电荷密度差）需要指定两个片段具体是那些原子。

差分电荷的定义是△ρ(AB)=ρ(AB)-ρ(A)-ρ(B)，其中ρ(A)、ρ(B)分别都是维持体系AB中A和B的构型，但是体系中，A具体由哪些原子，B具体由哪些原子构成，这个就要指定，set就是指定这个。

如果我们知道了上述定义，那么其实手工计算差分电荷也是可以实现的。只是本人对CASTEP输出的check文件实在是破解不能。。。有个工具叫check2xsf似乎可以转化成cub或是其他格式，这样也许可以输出文本文件用origin作图。如果不限定作图方式，可以通过在MS下建立Slice调整大小后直接截图即可。
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不一定挂在论坛，计算问题问题欢迎留言。
2楼2014-09-30 21:05:59
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starrywang

新虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 卡开发发 at 2014-09-30 21:05:59
差分电荷密度（二次差分，两片段间相互作用前后的电荷密度差）需要指定两个片段具体是那些原子。

差分电荷的定义是△ρ(AB)=ρ(AB)-ρ(A)-ρ(B)，其中ρ(A)、ρ(B)分别都是维持体系AB中A和B的构型，但是体系中， ...

我知道了，sets of atoms定义的叫分子片段，剩余的部分肯能认为是另一个部分。计算electron density difference时，可以计算出这两个或多个部分组合和分离前后的电荷密度差，也就是我前面给的图。是这个意思吧。不过我有个小疑问，分子片段间分开后，各个片段构型是不变的，而真实情况则是各个片段发生吸附或反应前后，构型是发生变化的。那这样得到的电荷差还有什么意思，比的不是真实过程的前后？

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3楼2014-09-30 22:56:13
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starrywang

新虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 卡开发发 at 2014-09-30 21:05:59
差分电荷密度（二次差分，两片段间相互作用前后的电荷密度差）需要指定两个片段具体是那些原子。

差分电荷的定义是△ρ(AB)=ρ(AB)-ρ(A)-ρ(B)，其中ρ(A)、ρ(B)分别都是维持体系AB中A和B的构型，但是体系中， ...

另外还有两个小问题，1～构型比较立体，无法单看某个面，这样怎么可以很好的表现出小范围的体的电荷情况。2～是不是用population计算直接比较反应物和产物的原子电荷，得到的是反应前后的电荷移动；用electron density difference计算得到的先用电荷密度分布看共价键，再用电荷密度差分看离子键？

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4楼2014-09-30 23:04:30
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