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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » Electron density difference 的sets of atoms 什么意思
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卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur
引用回帖:
18楼: Originally posted by 一川烟草 at 2014-10-03 16:57:48
请问怎么设置sets of atoms呢？因为选这项后好像还要set一下，但找不到地方…
...

楼上正解，指定片段必须叫DensityDifference
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21楼2014-10-03 19:47:37
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一川烟草

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
20楼: Originally posted by starrywang at 2014-10-03 19:15:41
终于到我等菜鸡上场的时候了。
edit→edit sets→选中要定义的分子片段→new→命名中需要包含 DensityDifference （你的弹出警示框就是说你set的分子片段名称没有这个DensityDifference）。...

灰常感谢！！！

这个没人说的话打死都不知道啊！！！
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22楼2014-10-03 20:51:46
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一川烟草

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
21楼: Originally posted by 卡开发发 at 2014-10-03 19:47:37
楼上正解，指定片段必须叫DensityDifference...

灰常感谢！

还有个问题求教大侠，就是怎么把*.check转换成cube格式以备后续作图呢？
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23楼2014-10-03 20:53:01
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卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur
★ ★ ★
franch: 金币+3, 谢谢回帖交流。。。 2014-10-06 23:27:41
引用回帖:
23楼: Originally posted by 一川烟草 at 2014-10-03 20:53:01
灰常感谢！

还有个问题求教大侠，就是怎么把*.check转换成cube格式以备后续作图呢？...

木虫论坛有个叫check2xsf的插件，http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=5406515&fpage=1&target=blank
你可以下载后（源码的话要编译），之后按照使用说明转换格式即可。对于*.check格式本身是加密的，我就不了解了。另外check文件本身是隐藏的（没记错的话）。
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24楼2014-10-03 21:02:58
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zhaobozhou

木虫 (小有名气)
引用回帖:
20楼: Originally posted by starrywang at 2014-10-03 19:15:41
终于到我等菜鸡上场的时候了。
edit→edit sets→选中要定义的分子片段→new→命名中需要包含 DensityDifference （你的弹出警示框就是说你set的分子片段名称没有这个DensityDifference）。...

选中要定义的分子片段是什么意思？是要把晶胞里的所有原子都选中吗？
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25楼2015-04-09 10:57:56
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starrywang

新虫 (正式写手)
引用回帖:
25楼: Originally posted by zhaobozhou at 2015-04-09 10:57:56
选中要定义的分子片段是什么意思？是要把晶胞里的所有原子都选中吗？...

电荷差分的意思懂了你就知道了。分子片段和体系其他部分组合和分开前后的电荷变化

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26楼2015-04-09 14:01:25
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记忆中的红罂

新虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by 卡开发发 at 2014-10-02 20:42:35
前辈，CASTEP能直接做，两个片段需指定一个片段叫"DensityDifference"即可，然后一次差分和二次差分都能做。
Dmol3能做一次差分，二次差分通过手工对grd文件也可完成。...

你好我想问下怎么在DMOL3里面做呢？
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27楼2016-12-23 09:43:49
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卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur
引用回帖:
27楼: Originally posted by 记忆中的红罂 at 2016-12-23 09:43:49
你好我想问下怎么在DMOL3里面做呢？...

得自己写程序或者写脚本，当然也有土方法，得把grd文件相应的网格进行做差。
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28楼2016-12-23 13:08:52
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记忆中的红罂

新虫 (小有名气)
引用回帖:
28楼: Originally posted by 卡开发发 at 2016-12-23 13:08:52
得自己写程序或者写脚本，当然也有土方法，得把grd文件相应的网格进行做差。...

恩恩，我想问下就是小木虫帖子里的附件为什么下载不下来呢？你有没有遇到这种情况呢？

发自小木虫Android客户端
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29楼2016-12-23 14:53:51
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