24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
查看: 3749  |  回复: 28
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

starrywang

新虫 (正式写手)

[求助] Electron density difference 的sets of atoms 什么意思 已有1人参与

如题,我知道如何设置sets of atoms ,但是不知道这个是什么意思,算出来的结果我也看不懂,好像有两个单独的castep文件。

另外求教一下下面的图怎么画。该文计算了表面有无吸附物前后的电荷差,然后画出图形。请问,这个电荷是通过什么得到的,光是population的数据是画不出来的吧。
Electron density difference 的sets of atoms 什么意思
Electron density difference 的sets of atoms 什么意思-1
回复此楼

» 猜你喜欢

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

一川烟草

铁杆木虫 (正式写手)

引用回帖:
20楼: Originally posted by starrywang at 2014-10-03 19:15:41
终于到我等菜鸡上场的时候了。
edit→edit sets→选中要定义的分子片段→new→命名中需要包含 DensityDifference (你的弹出警示框就是说你set的分子片段名称没有这个DensityDifference)。...

灰常感谢!!!

这个没人说的话打死都不知道啊!!!
22楼2014-10-03 20:51:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 29 个回答

卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur

★ ★ ★ ★
franch: 金币+4, 谢谢回帖交流。。。 2014-10-06 23:25:29
差分电荷密度(二次差分,两片段间相互作用前后的电荷密度差)需要指定两个片段具体是那些原子。

差分电荷的定义是△ρ(AB)=ρ(AB)-ρ(A)-ρ(B),其中ρ(A)、ρ(B)分别都是维持体系AB中A和B的构型,但是体系中,A具体由哪些原子,B具体由哪些原子构成,这个就要指定,set就是指定这个。

如果我们知道了上述定义,那么其实手工计算差分电荷也是可以实现的。只是本人对CASTEP输出的check文件实在是破解不能。。。有个工具叫check2xsf似乎可以转化成cub或是其他格式,这样也许可以输出文本文件用origin作图。如果不限定作图方式,可以通过在MS下建立Slice调整大小后直接截图即可。
不一定挂在论坛,计算问题问题欢迎留言。
2楼2014-09-30 21:05:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

starrywang

新虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 卡开发发 at 2014-09-30 21:05:59
差分电荷密度(二次差分,两片段间相互作用前后的电荷密度差)需要指定两个片段具体是那些原子。

差分电荷的定义是△ρ(AB)=ρ(AB)-ρ(A)-ρ(B),其中ρ(A)、ρ(B)分别都是维持体系AB中A和B的构型,但是体系中, ...

我知道了,sets of atoms定义的叫分子片段,剩余的部分肯能认为是另一个部分。计算electron density difference时,可以计算出这两个或多个部分组合和分离前后的电荷密度差,也就是我前面给的图。是这个意思吧。不过我有个小疑问,分子片段间分开后,各个片段构型是不变的,而真实情况则是各个片段发生吸附或反应前后,构型是发生变化的。那这样得到的电荷差还有什么意思,比的不是真实过程的前后?

[ 发自小木虫客户端 ]
3楼2014-09-30 22:56:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

starrywang

新虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 卡开发发 at 2014-09-30 21:05:59
差分电荷密度(二次差分,两片段间相互作用前后的电荷密度差)需要指定两个片段具体是那些原子。

差分电荷的定义是△ρ(AB)=ρ(AB)-ρ(A)-ρ(B),其中ρ(A)、ρ(B)分别都是维持体系AB中A和B的构型,但是体系中, ...

另外还有两个小问题,1~构型比较立体,无法单看某个面,这样怎么可以很好的表现出小范围的体的电荷情况。2~是不是用population计算直接比较反应物和产物的原子电荷,得到的是反应前后的电荷移动;用electron density difference计算得到的先用电荷密度分布看共价键,再用电荷密度差分看离子键?

[ 发自小木虫客户端 ]
4楼2014-09-30 23:04:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 山东省基金2026 +5 jerry681 2026-04-08 6/300 2026-04-12 08:33 by kudofaye
[考研] 求调剂,262机械专硕 +8 嗯yyl 2026-04-08 8/400 2026-04-12 02:31 by 秋豆菜芽
[考研] 0860004 求调剂 309分 +9 Yin DY 2026-04-08 9/450 2026-04-11 22:55 by dongdian1
[考研] 271求调剂 +21 2261744733 2026-04-11 21/1050 2026-04-11 20:19 by Angchemist
[考研] 296求调剂 +6 汪!?! 2026-04-09 6/300 2026-04-11 11:25 by zhq0425
[考研] 调剂 +12 卷卷卷心菜_ 2026-04-09 13/650 2026-04-10 22:36 by Ftglcn90
[考研] 考研调剂 +26 硕星赴 2026-04-09 27/1350 2026-04-10 22:24 by 猪会飞
[考研] 本科南方医科大学 一志愿985 药学学硕284分 求调剂 +4 弱水听文 2026-04-09 4/200 2026-04-10 22:01 by doctff
[考研] 调剂申请086000一志愿西北农林科技大学生物与医药320分-本科齐鲁工业大学 +3 美美女士 2026-04-09 3/150 2026-04-10 10:31 by liuhuiying09
[考研] 一志愿鲁东大学071000生物学学硕初试分数276求调剂 +20 慕绝cc 2026-04-09 24/1200 2026-04-10 10:22 by xujun0624
[考研] 070300化学 求调剂 +13 73372112 2026-04-08 13/650 2026-04-09 20:22 by maddjdld
[考研] 085600材料与化工301分求调剂院校 +33 刺痛jk 2026-04-06 34/1700 2026-04-09 18:31 by hy861222
[考研] 085600材料与化工,求调剂 +11 won_qii 2026-04-07 11/550 2026-04-09 17:03 by luoyongfeng
[考研] 322求调剂,08工科 +3 今天是个小号 2026-04-08 3/150 2026-04-09 15:53 by wp06
[考研] 求调剂 +13 柒luck 2026-04-07 13/650 2026-04-08 22:46 by 猪会飞
[考研] 生物学328分求调剂 +9 闪电kkl 2026-04-08 10/500 2026-04-08 21:42 by liuhuiying09
[考研] 287求调剂 +6 Fnhc 2026-04-07 6/300 2026-04-08 10:05 by xingguangj
[考研] 求调剂 +11 wwwwabcde 2026-04-07 11/550 2026-04-07 23:16 by JourneyLucky
[考研] 生物学363调剂求助 +7 fanzhang6666 2026-04-06 9/450 2026-04-07 17:37 by lijunpoly
[考研] 304求调剂 +4 luoye0105 2026-04-05 4/200 2026-04-06 21:05 by 木子君1218
信息提示
请填处理意见