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[资源] 强势增强CASTEP输出的工具:check2xsf (Windows版)

相信用过Materials Studio下CASTEP的人都知道,CASTEP的图形输出,也就是所谓的post-processing是基于MS提供的功能的,除了例如能带之类的点-线图可以轻易的导出到Origin或者MatLAB之类做出比较专业的图象,其他的例如电荷密度之类的,导出重画一是麻烦,二是不能得到别人论文中那样漂亮的图片。几个免费做结构图的软件,比如Molekel,XCrySDen等,做图的质量基本是秒杀MS的模型图的。
更更郁闷的,是如果在Linux下直接用RunCASTEP.sh运行计算,计算后的结果很难再导回到Materials Studio的图形界面,给结果分析造成了困难。
跟别的基于DFT的平面波赝势软件相比,CASTEP的输出种类也的确偏少,总是缺乏别人那么花样繁多的结果。比如该帖中的问题:http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=3701889&fpage=3,取出HOMO或者LUMO的电荷密度,就无法直接使用MS来解决。
这也怪不得CASTEP,毕竟CASTEP是商业软件,其核心结果文档(check文件)的格式并没有公开,所以很难存在什么软件轻易读取它的结果。
事实上,这些问题早就得到了很大程度上的解决了。因为,CASTEP至少在英国学术界内,是开源的。我们这里要感谢英国剑桥大学卡文迪实实验室凝聚态物理组的Michael Rutter,他为我们提供了一个工具check2xsf:http://www.tcm.phy.cam.ac.uk/~mjr/vis/。
该工具是开源的,在Unix/Linux下非常容易编译,只需要修改Makefile中一两个参数就可以直接make了。但是,我们用MS更多是在Windows下。
这两天使用Visual Studio,总算成功在Windows平台下成功编译了check2xsf,最大的困难已经不是修改编译时的参数,而是要修改几处C代码,因为原始的代码使用的是POSIX UNIX的标准C库函数,放在Windows下显然是不能使用的~编译好的程序在附件中。
下面来做个例子,说明怎么使用这个软件。
使用ZnO作为例子,ZnO作为直接带隙半导体材料,有着明确的HOMO和LUMO,并且位于Gamma点上。我们本次任务就是提取HOMO和LUMO在Gamma点上的电荷密度。首先,对ZnO进行计算,计算时一定要选择回传完整check文件:

然后,计算完成,到存储计算文件的文件夹中,显示所有隐藏文件,把扩展名为check的文件取消隐藏属性。
这时,需要再做两个检查:1,HOMO和LUMO分别是第几条能带;2,第几个k点是Gamma点。
对于问题1,我们可以看能带图。

对于问题2,我们既可以看扩展名为castep的文件,又可以使用命令
CODE:
check2xsf -l --cell ZnO.check ZnO_k.cell

,然后查看ZnO_k.cell。不管哪个方法,都可以看到如下的结果:

这说明了,Gamma点是第48号k点。
然后,就可以提取数据了。数据保存为cube格式,因为这个格式几乎可以用任何晶体作图软件打开,不仅仅限于check2xsf的作者推荐的XCrySDen和Jmol。我在这里使用的是V_Sim,这个软件有Windows版,可以到官方网站随便下载。不会使用V_Sim又想学习的,可以到该帖看我以前制作的教程:http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=4923069&fpage=1
首先,是HOMO的结果。显示3D的等值面图,可以看到,如同Abinit区的那个帖子,我们不但得到了HOMO的等值面,还可以对不同位相使用不同颜色。所以,特此更正一下,这里输出的其实不是Gamma点处HOMO能级的电荷密度,而是该点的波函。我们知道,波函是有位相的,但是电荷密度是,是不可能有位相并且只有非负值的。更有特色的一点在于,输出波函,在Abinit和PWscf中都不支持,或者只能用wannier方程计算才能得到有位相区分的图(VASP不清楚,暂时保留意见)。

然后,是对某个截面的波函分布的平面图:

再再然后,是Gamma点处LUMO的波函:

详细的check2xsf的使用命令如下:
引用回帖:
Usage: check2xsf [-aAbBckmRsSvx] [--FORMAT] infile [outfile]

-a           rotate as though outputing in abc format
-A           accumulate (sum) requested bands
-b[=range]   include bands (as psi)
-B[=range]   include bands (as densities)
-c           include charge density
-d           read also a .chdiff file, constructing its name from
               the .cell or .check file given
-H           shift atoms by half a grid cell
-k=range     include given k-points (default 1) for bands
-l           list k-points in .cell output, not MP parameters
-L           produce (incorrect) left-handed abc output
-m[=a,b,c]   assume input is molecule, not crystal, and move by
               given nos of grid cells, or move automatically
-R           don't rescale densities
-s           include spin densities
-S=range     include given spins (0 or 1) for bands
-t=(x1,y1,z1)(x2,y2,z2)[(x3,y3,z3)]
             rotate coords so 1st vector becomes 2nd, using third
             vector as axis, else axis is perpendicular to others
-T=(x1,y1,z1)(x2,y2,z2)[(x3,y3,z3)]
             ditto, but first vec expressed in absolute coords
-v           be verbose (may be repeated)
-x           expand rhombohedral cell to cubic/hexagonal automatically
-x=(x1,y1,z1)(x2,y2,z2)(x3,y3,z3)
             re-express in new basis given in terms of old
-X=(x1,y1,z1)(x2,y2,z2)(x3,y3,z3)
             re-express in new basis given in absolute terms
-3           if swapping axes to convert lhs to rhs, third axis
               is special & first two swapped. Else first is special.

FORMAT is one of: xsf       XCrySDen (default)
                  cell      CASTEP .cell, cartesian and fractional
                  cell_abc                abc and fractional
                  cell_abs                cartesian and absolute
                  cell_abc_abs            abc and absolute
                  cml       Chemical Markup Language
                  cube      Gaussian cube
                  dx        OpenDX
                  fdf       Flexible Data Format (Siesta) (beta)
                  null      Discard output
                  pdb       PDB
                  pdbn      PDB with atoms numbered
                  vasp      VASP output
                  xplor     Xplor
                  xyz       XYZ

range specifies band numbers as "a,b-c,d"
-b and -B are mutually exclusive. Only one of the x and t options may be given

Input files ending .pdb are assumed to be in pdb format, otherwise
automatic detection of .cell or .check input. Compatible with
.check files from CASTEP 3.0 to 5.5 (and perhaps beyond).

Version 1.04, (c) MJ Rutter 2007, 2008, 2011 licenced under the GPL v2

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fengang

铁虫 (小有名气)


★★★★★ 五星级,优秀推荐

楼主的程序好用?我在补充一些细节。1)把楼主给的check2xsf解压后复制一份到C/windows/和C/windows/system32下面。2)cmd应该在C/windows/system32下面有,这样在存有castep的xxx.check文件(若隐藏,先使之可见)所在的文件夹内"shift+右击"即可完成打开check2xsf 3)输入命令行 check2xsf -c --cube doublecell.check den.cube z之后Enter即可将doublecell.check文件提取出电荷密度信息存于den.cube中---输入和输出的文件名看个人情况。.cube文件可以用VSim进行画图(3disoface 2d的isoline都可以)。当然-c换成-d可以导入差分电荷密度图,等等。

[ Last edited by fengang on 2013-12-3 at 19:38 ]

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74楼2013-12-03 19:34:59
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slogos

木虫 (初入文坛)


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非常感谢! 但Windows7 64位操作系统运行不了
6楼2013-01-10 17:31:36
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引用回帖:
6楼: Originally posted by slogos at 2013-01-10 17:31:36
非常感谢! 但Windows7 64位操作系统运行不了

终于有个反馈,来说说用不了的信息是什么,怎么个用不了法
8楼2013-01-10 18:10:11
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slogos

木虫 (初入文坛)


引用回帖:
8楼: Originally posted by souledge at 2013-01-10 18:10:11
终于有个反馈,来说说用不了的信息是什么,怎么个用不了法...

在windows7 64位操作系统下 无法安装,双击时屏幕只闪一下,以管理员身份运行时同样也是屏幕只闪一下,改为在windows xp 兼容模式下也不能运行
11楼2013-01-10 21:27:20
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引用回帖:
11楼: Originally posted by slogos at 2013-01-10 21:27:20
在windows7 64位操作系统下 无法安装,双击时屏幕只闪一下,以管理员身份运行时同样也是屏幕只闪一下,改为在windows xp 兼容模式下也不能运行...

这个是命令行程序,谢谢~
15楼2013-01-11 07:14:47
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引用回帖:
29楼: Originally posted by ldxdwn at 2013-01-30 10:03:03
点了一下 解压缩后 点exe文件打不开嘛 怎么回事啊?我的是XP版的……想跟楼主多聊聊 ,可否留下邮箱?对了,LZ的强帖被MS公司的人看到了哦……wangqianqian963@126.com

这个是命令行程序,当然不是直接点,而是在cmd中使用的。
30楼2013-01-30 14:30:19
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引用回帖:
41楼: Originally posted by 风萧萧栖 at 2013-04-27 17:20:41
专家顾问先生,是不是.chdiff的差分密度数据还是读不了?
提取差分时,提示Error: unable to read input as a CASTEP .check file.

可以读的,帮助中有写:
引用回帖:
-d           read also a .chdiff file, constructing its name from
               the .cell or .check file given

下面以CaF2为例,使用MS 5.0计算得到差分电荷密度如下:

再使用check2xsf提取计算得到的chdiff结果,并保存为cube格式(如果用XCrySDen,建议保存为xsf格式),使用V_Sim打开做图,可以得到下图:

总体上两个图是相同的,证明了check2xsf成功提取了差分电荷密度的结果。
42楼2013-04-29 13:37:51
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paopaotu326

金虫 (正式写手)


送红花一朵
楼主好,我的系统也是win7 64位的,打开cmd后,进入命令文件的文件夹,输入命令,结果提示: no Input file specified.
如图片所示:

https://pan.baidu.com/s/1_IA6Yqs-YG3X3-3imwxAwg

咋回事?
152楼2018-04-10 11:40:03
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好帖!支持souledge
3楼2013-01-10 16:10:29
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future_wl

木虫 (著名写手)


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哇,楼主你编程好厉害,佩服佩服!
10楼2013-01-10 21:25:49
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huilaoshu999

金虫 (著名写手)


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膜拜
12楼2013-01-11 00:29:24
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huilaoshu999

金虫 (著名写手)


哇,楼主你编程好厉害,佩服佩服!
13楼2013-01-11 00:29:53
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condensed

木虫 (著名写手)


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大赞!
14楼2013-01-11 01:35:43
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匿名

用户注销 (小有名气)


本帖仅楼主可见
20楼2013-01-11 16:32:25
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ldxdwn

金虫 (小有名气)


★★★★★ 五星级,优秀推荐

点了一下 解压缩后 点exe文件打不开嘛 怎么回事啊?我的是XP版的……想跟楼主多聊聊 ,可否留下邮箱?对了,LZ的强帖被MS公司的人看到了哦……wangqianqian963@126.com
29楼2013-01-30 10:03:03
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cavediger

金虫 (正式写手)


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收藏,感谢分享!
36楼2013-03-31 17:18:24
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2011200073

铜虫 (小有名气)


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楼主这个程序用cmd运行,是打开cmd后运行提示说check2xsf不是内部或外部命令,也不是可运行的程序或批处理文件,这是怎么回事啊,这个程序具体怎么运行打开.check文件啊
37楼2013-04-01 11:16:16
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wenj674

金虫 (小有名气)


顶一下,感谢分享!楼主神人也
39楼2013-04-23 11:50:00
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风萧萧栖

金虫 (小有名气)


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专家顾问先生,是不是.chdiff的差分密度数据还是读不了?
提取差分时,提示Error: unable to read input as a CASTEP .check file.
41楼2013-04-27 17:20:41
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songqingshan

木虫 (正式写手)


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太感谢您了,您才是真正的大牛啊,感想您的指导,特别感谢,太感谢,只有感谢了
43楼2013-04-29 20:58:29
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songqingshan

木虫 (正式写手)


送红花一朵
用什么软件进入编程啊?编程一窍不通………………
44楼2013-04-29 21:26:08
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louyouxin

新虫 (小有名气)


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好好了解一下
46楼2013-04-30 14:39:23
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k_now

木虫 (正式写手)


引用回帖:
42楼: Originally posted by souledge at 2013-04-29 13:37:51
可以读的,帮助中有写:

下面以CaF2为例,使用MS 5.0计算得到差分电荷密度如下:

再使用check2xsf提取计算得到的chdiff结果,并保存为cube格式(如果用XCrySDen,建议保存为xsf格式),使用V_Sim打开做图,可 ...

软件下载下来了,在XP下闪一下就不见了,如何解决
48楼2013-04-30 21:32:30
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引用回帖:
48楼: Originally posted by k_now at 2013-04-30 21:32:30
软件下载下来了,在XP下闪一下就不见了,如何解决...

请仔细看之前的说明及回帖。
50楼2013-04-30 22:13:17
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huangll992楼
2013-01-10 15:36   回复  
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kings014楼
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ljjhb17楼
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m21259楼
2013-01-10 20:23   回复  
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gynan200816楼
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k_now47楼
2013-04-30 21:12   回复  
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xujc198349楼
2013-04-30 21:47   回复  
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