24小时热门版块排行榜    

查看: 3708  |  回复: 28
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

starrywang

新虫 (正式写手)

[求助] Electron density difference 的sets of atoms 什么意思 已有1人参与

如题,我知道如何设置sets of atoms ,但是不知道这个是什么意思,算出来的结果我也看不懂,好像有两个单独的castep文件。

另外求教一下下面的图怎么画。该文计算了表面有无吸附物前后的电荷差,然后画出图形。请问,这个电荷是通过什么得到的,光是population的数据是画不出来的吧。
Electron density difference 的sets of atoms 什么意思
Electron density difference 的sets of atoms 什么意思-1
回复此楼

» 猜你喜欢

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

记忆中的红罂

新虫 (小有名气)

引用回帖:
28楼: Originally posted by 卡开发发 at 2016-12-23 13:08:52
得自己写程序或者写脚本,当然也有土方法,得把grd文件相应的网格进行做差。...

恩恩,我想问下就是小木虫帖子里的附件为什么下载不下来呢?你有没有遇到这种情况呢?

发自小木虫Android客户端
29楼2016-12-23 14:53:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 29 个回答

卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur

★ ★ ★ ★
franch: 金币+4, 谢谢回帖交流。。。 2014-10-06 23:25:29
差分电荷密度(二次差分,两片段间相互作用前后的电荷密度差)需要指定两个片段具体是那些原子。

差分电荷的定义是△ρ(AB)=ρ(AB)-ρ(A)-ρ(B),其中ρ(A)、ρ(B)分别都是维持体系AB中A和B的构型,但是体系中,A具体由哪些原子,B具体由哪些原子构成,这个就要指定,set就是指定这个。

如果我们知道了上述定义,那么其实手工计算差分电荷也是可以实现的。只是本人对CASTEP输出的check文件实在是破解不能。。。有个工具叫check2xsf似乎可以转化成cub或是其他格式,这样也许可以输出文本文件用origin作图。如果不限定作图方式,可以通过在MS下建立Slice调整大小后直接截图即可。
不一定挂在论坛,计算问题问题欢迎留言。
2楼2014-09-30 21:05:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

starrywang

新虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 卡开发发 at 2014-09-30 21:05:59
差分电荷密度(二次差分,两片段间相互作用前后的电荷密度差)需要指定两个片段具体是那些原子。

差分电荷的定义是△ρ(AB)=ρ(AB)-ρ(A)-ρ(B),其中ρ(A)、ρ(B)分别都是维持体系AB中A和B的构型,但是体系中, ...

我知道了,sets of atoms定义的叫分子片段,剩余的部分肯能认为是另一个部分。计算electron density difference时,可以计算出这两个或多个部分组合和分离前后的电荷密度差,也就是我前面给的图。是这个意思吧。不过我有个小疑问,分子片段间分开后,各个片段构型是不变的,而真实情况则是各个片段发生吸附或反应前后,构型是发生变化的。那这样得到的电荷差还有什么意思,比的不是真实过程的前后?

[ 发自小木虫客户端 ]
3楼2014-09-30 22:56:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

starrywang

新虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 卡开发发 at 2014-09-30 21:05:59
差分电荷密度(二次差分,两片段间相互作用前后的电荷密度差)需要指定两个片段具体是那些原子。

差分电荷的定义是△ρ(AB)=ρ(AB)-ρ(A)-ρ(B),其中ρ(A)、ρ(B)分别都是维持体系AB中A和B的构型,但是体系中, ...

另外还有两个小问题,1~构型比较立体,无法单看某个面,这样怎么可以很好的表现出小范围的体的电荷情况。2~是不是用population计算直接比较反应物和产物的原子电荷,得到的是反应前后的电荷移动;用electron density difference计算得到的先用电荷密度分布看共价键,再用电荷密度差分看离子键?

[ 发自小木虫客户端 ]
4楼2014-09-30 23:04:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 材料学硕297已过四六级求调剂推荐 +5 adaie 2026-03-19 5/250 2026-03-20 10:44 by EBSD
[考研] 一志愿武汉理工材料工程专硕调剂 +7 Doleres 2026-03-19 7/350 2026-03-20 10:39 by EBSD
[考研] 一志愿苏州大学材料求调剂,总分315(英一) +3 sbdksD 2026-03-19 3/150 2026-03-19 23:21 by fmesaito
[考研] 本人考085602 化学工程 专硕 +17 不知道叫什么! 2026-03-15 19/950 2026-03-19 15:06 by 尽舜尧1
[考研] 286求调剂 +6 lemonzzn 2026-03-16 10/500 2026-03-19 14:31 by lemonzzn
[考研] 324分 085600材料化工求调剂 +3 llllkkkhh 2026-03-18 3/150 2026-03-19 14:22 by houyaoxu
[考研] 346求调剂[0856] +3 WayneLim327 2026-03-16 6/300 2026-03-19 11:21 by WayneLim327
[考研] 一志愿985,本科211,0817化学工程与技术319求调剂 +10 Liwangman 2026-03-15 10/500 2026-03-19 10:25 by 无际的草原
[考研] 332求调剂 +3 ydfyh 2026-03-17 3/150 2026-03-19 10:14 by 功夫疯狂
[考研] 311求调剂 +11 冬十三 2026-03-15 12/600 2026-03-18 14:36 by 星空星月
[考研] 一志愿西南交大,求调剂 +4 材化逐梦人 2026-03-18 4/200 2026-03-18 14:22 by 007_lilei
[考研] 268求调剂 +6 简单点0 2026-03-17 6/300 2026-03-18 09:04 by 无际的草原
[考研] 考研求调剂 +3 橘颂. 2026-03-17 4/200 2026-03-17 21:43 by 有只狸奴
[考研] 268求调剂 +8 一定有学上- 2026-03-14 9/450 2026-03-17 17:47 by laoshidan
[考研] 301求调剂 +4 A_JiXing 2026-03-16 4/200 2026-03-17 17:32 by ruiyingmiao
[考研] 332求调剂 +6 Zz版 2026-03-13 6/300 2026-03-17 17:03 by ruiyingmiao
[考研] 材料与化工专硕调剂 +5 heming3743 2026-03-16 5/250 2026-03-17 14:03 by 勇敢太监王公公
[考研] 278求调剂 +3 Yy7400 2026-03-13 3/150 2026-03-17 08:24 by laoshidan
[考研] 机械专硕325,寻找调剂院校 +3 y9999 2026-03-15 5/250 2026-03-16 19:58 by y9999
[考研] 304求调剂 +3 曼殊2266 2026-03-14 3/150 2026-03-16 16:39 by houyaoxu
信息提示
请填处理意见