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starrywang

新虫 (正式写手)

[求助] Electron density difference 的sets of atoms 什么意思 已有1人参与

如题,我知道如何设置sets of atoms ,但是不知道这个是什么意思,算出来的结果我也看不懂,好像有两个单独的castep文件。

另外求教一下下面的图怎么画。该文计算了表面有无吸附物前后的电荷差,然后画出图形。请问,这个电荷是通过什么得到的,光是population的数据是画不出来的吧。
Electron density difference 的sets of atoms 什么意思
Electron density difference 的sets of atoms 什么意思-1
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记忆中的红罂

新虫 (小有名气)

引用回帖:
9楼: Originally posted by 卡开发发 at 2014-10-02 20:42:35
前辈,CASTEP能直接做,两个片段需指定一个片段叫"DensityDifference"即可,然后一次差分和二次差分都能做。
Dmol3能做一次差分,二次差分通过手工对grd文件也可完成。...

你好我想问下怎么在DMOL3里面做呢?
27楼2016-12-23 09:43:49
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卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur

★ ★ ★ ★
franch: 金币+4, 谢谢回帖交流。。。 2014-10-06 23:25:29
差分电荷密度(二次差分,两片段间相互作用前后的电荷密度差)需要指定两个片段具体是那些原子。

差分电荷的定义是△ρ(AB)=ρ(AB)-ρ(A)-ρ(B),其中ρ(A)、ρ(B)分别都是维持体系AB中A和B的构型,但是体系中,A具体由哪些原子,B具体由哪些原子构成,这个就要指定,set就是指定这个。

如果我们知道了上述定义,那么其实手工计算差分电荷也是可以实现的。只是本人对CASTEP输出的check文件实在是破解不能。。。有个工具叫check2xsf似乎可以转化成cub或是其他格式,这样也许可以输出文本文件用origin作图。如果不限定作图方式,可以通过在MS下建立Slice调整大小后直接截图即可。
不一定挂在论坛,计算问题问题欢迎留言。
2楼2014-09-30 21:05:59
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starrywang

新虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 卡开发发 at 2014-09-30 21:05:59
差分电荷密度(二次差分,两片段间相互作用前后的电荷密度差)需要指定两个片段具体是那些原子。

差分电荷的定义是△ρ(AB)=ρ(AB)-ρ(A)-ρ(B),其中ρ(A)、ρ(B)分别都是维持体系AB中A和B的构型,但是体系中, ...

我知道了,sets of atoms定义的叫分子片段,剩余的部分肯能认为是另一个部分。计算electron density difference时,可以计算出这两个或多个部分组合和分离前后的电荷密度差,也就是我前面给的图。是这个意思吧。不过我有个小疑问,分子片段间分开后,各个片段构型是不变的,而真实情况则是各个片段发生吸附或反应前后,构型是发生变化的。那这样得到的电荷差还有什么意思,比的不是真实过程的前后?

[ 发自小木虫客户端 ]
3楼2014-09-30 22:56:13
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starrywang

新虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 卡开发发 at 2014-09-30 21:05:59
差分电荷密度(二次差分,两片段间相互作用前后的电荷密度差)需要指定两个片段具体是那些原子。

差分电荷的定义是△ρ(AB)=ρ(AB)-ρ(A)-ρ(B),其中ρ(A)、ρ(B)分别都是维持体系AB中A和B的构型,但是体系中, ...

另外还有两个小问题,1~构型比较立体,无法单看某个面,这样怎么可以很好的表现出小范围的体的电荷情况。2~是不是用population计算直接比较反应物和产物的原子电荷,得到的是反应前后的电荷移动;用electron density difference计算得到的先用电荷密度分布看共价键,再用电荷密度差分看离子键?

[ 发自小木虫客户端 ]
4楼2014-09-30 23:04:30
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