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gromacs安装成功后 所遇到的问题
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安装gromacs-4.6.1十数天，最近终于安装成功，先安装了cuda5.5、更新驱动，（电脑配置较低），后按以下步骤安装： 已经正确安装软件 freeglut 和 g++。 安装 gromacs 之前，需要先安装 fftw、openmpi 和 cmake。各软件的安装版本和规划要安装的目录如下： 参考博文：http://blog.csdn.net/u011622506/article/details/30460261 由于安装过程需要对 /usr/bin 目录进行写操作，建议由管理员用户进行安装。 使用的软件包： openmpi-1.6.5.tar.gz cmake-2.8.9.tar gromacs-4.6.5.tar.gz 1. 在用户的家目录下建立一个工作目录 gromacs，将 4 个软件包拷贝到该目录下； 2. 在 /opt 目录下建立 fftw、openmpi、gromacs-4.6.5-cpu 目录，用于安装相应文件； 3. 安装及配置openmpi # cd # cd gromacs # tar xvf openmpi-1.6.5.tar.gz # cd openmpi-1.6.5 # ./configure --prefix=/opt/openmpi 由于 openmpi 要安装在 /opt/openmpi 下，所以 --prefix 指定了目录。 # sudo make # sudo make install 这时候在 /opt/openmpi 目录下生成 bin、etc、include、lib 和 share 五个子目录。 关掉当前终端窗口，重新开启一个终端窗口。 6. 安装 cmake # cd # cd gromacs # tar xvf cmake-2.8.9.tar # cd cmake-2.8.9 # ./bootstrap # sudo make # sudo make install 7. 安装 gromacs # cd .. # tar xvf gromacs-4.6.5.tar.gz # cd gromacs-4.6.5 # mkdir build # cd build # sudo cmake .. -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON # make # sudo make install #source /usr/local/gromacs/bin/GMXRC 然后，我下载了一个pdb文件‘1AKI.pdb’，参照‘gromacs tutorial’里的步骤运行，发现：我只有将pdb文件放到上面所建的‘build’文件夹，然后再在上面安装成功的终端里输入：pdb2gmx -f 1AKI.pdb -o 1AKI_processed.gro -water spce ;可以运行。如果在新建的终端里输入：pdb2gmx，却提示：程序“pdb2gmx” 尚未安装。提示安装gromacs。 这是什么原因类？？？ 求大神解答。 |
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