| 查看: 2467 | 回复: 19 | |||
[交流]
gromacs安装成功后 所遇到的问题
|
|
安装gromacs-4.6.1十数天，最近终于安装成功，先安装了cuda5.5、更新驱动，（电脑配置较低），后按以下步骤安装： 已经正确安装软件 freeglut 和 g++。 安装 gromacs 之前，需要先安装 fftw、openmpi 和 cmake。各软件的安装版本和规划要安装的目录如下： 参考博文：http://blog.csdn.net/u011622506/article/details/30460261 由于安装过程需要对 /usr/bin 目录进行写操作，建议由管理员用户进行安装。 使用的软件包： openmpi-1.6.5.tar.gz cmake-2.8.9.tar gromacs-4.6.5.tar.gz 1. 在用户的家目录下建立一个工作目录 gromacs，将 4 个软件包拷贝到该目录下； 2. 在 /opt 目录下建立 fftw、openmpi、gromacs-4.6.5-cpu 目录，用于安装相应文件； 3. 安装及配置openmpi # cd # cd gromacs # tar xvf openmpi-1.6.5.tar.gz # cd openmpi-1.6.5 # ./configure --prefix=/opt/openmpi 由于 openmpi 要安装在 /opt/openmpi 下，所以 --prefix 指定了目录。 # sudo make # sudo make install 这时候在 /opt/openmpi 目录下生成 bin、etc、include、lib 和 share 五个子目录。 关掉当前终端窗口，重新开启一个终端窗口。 6. 安装 cmake # cd # cd gromacs # tar xvf cmake-2.8.9.tar # cd cmake-2.8.9 # ./bootstrap # sudo make # sudo make install 7. 安装 gromacs # cd .. # tar xvf gromacs-4.6.5.tar.gz # cd gromacs-4.6.5 # mkdir build # cd build # sudo cmake .. -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON # make # sudo make install #source /usr/local/gromacs/bin/GMXRC 然后，我下载了一个pdb文件‘1AKI.pdb’，参照‘gromacs tutorial’里的步骤运行，发现：我只有将pdb文件放到上面所建的‘build’文件夹，然后再在上面安装成功的终端里输入：pdb2gmx -f 1AKI.pdb -o 1AKI_processed.gro -water spce ;可以运行。如果在新建的终端里输入：pdb2gmx，却提示：程序“pdb2gmx” 尚未安装。提示安装gromacs。 这是什么原因类？？？ 求大神解答。 |
回复此楼» 猜你喜欢
070200求调剂，一志愿某211，288分
已经有19人回复
-
法国博士后职位
已经有0人回复
-
物理学I论文润色/翻译怎么收费?
已经有164人回复
-
重庆交大26年硕士生招生拟调剂通知已出！欢迎加入机器视觉与3D光学成像课题组。
已经有0人回复
-
**
已经有1人回复
-
0702一志愿吉大B区求调剂 本科期间发表一篇Sci
已经有3人回复
-
基底STO,薄膜SRO，XRD里面的振荡，是laue震荡还是kiessig振荡? 怎么判断？
已经有2人回复
-
B区学生调剂-兰州交通大学材料科学与工程学院
已经有8人回复
-
山西大同大学物理学专业还有调剂名额，欢迎调剂！
已经有9人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 新手安装openmpi时遇到的问题
已经有14人回复
- 关于MS和GROMACS文件转换的问题
已经有8人回复
- 关于gromacs残基不识别的问题
已经有17人回复
- gromacs 5.0 安装过程中遇到到问题
已经有7人回复
- gromacs中加入离子的个数计算问题
已经有5人回复
- Gromacs模拟温度耦合和压力耦合选择算法的问题，感谢！！！
已经有4人回复
- Gromacs里关于设定水盒子形状的问题？？
已经有7人回复
- 安装MS7.0时遇到这个问题，不知道该怎么解决，请大神指导
已经有7人回复
- gromacs运行问题
已经有9人回复
- Gromacs能量最小化问题
已经有5人回复
- 关于gromacs续跑连接文件的问题
已经有5人回复
- gromacs 模拟时如何固定金属离子的问题
已经有10人回复
- gromacs4.6.5安装问题
已经有4人回复
- MS6.0在win7安装好后，遇到一个奇怪的问题！
已经有9人回复
- gromacs 模拟出现周期性问题
已经有6人回复
- gromacs4.5.5安装问题
已经有5人回复
- gromacs自己添加residue遇到的问题
已经有6人回复
- 安装yambo-3.2.5时遇到了问题，请求帮助 谢谢
已经有9人回复
- gromacs 模拟NPT系宗出问题
已经有8人回复
- gromacs，用pdb文件生成top文件时遇到的问题
已经有4人回复
- GROMACS安装时总是出现configure: error: Unknown FFT library，请问是什么原因
已经有9人回复
- 【求助】lammps安装过程中，在安装fftw的过程中遇到问题
已经有8人回复
- 【求助】安装arcgis遇到的问题
已经有7人回复
- 【求助】gromacs的又一个问题
已经有22人回复
- 【求助】gromacs出现了一个问题
已经有10人回复
- 【求助】求助Gromacs中关于g_hbond的out文件的问题
已经有10人回复
★
木头007(金币+1): 谢谢参与
木头007(金币+1): 谢谢参与
 |
2楼2014-09-29 09:29:10
★
木头007(金币+1): 谢谢参与
木头007(金币+1): 谢谢参与
|
|
3楼2014-09-29 09:32:43
★
木头007(金币+1): 谢谢参与
木头007(金币+1): 谢谢参与
|
|
4楼2014-09-29 09:35:26
★
木头007(金币+1): 谢谢参与
木头007(金币+1): 谢谢参与
|
|
5楼2014-09-29 09:38:37
★
木头007(金币+1): 谢谢参与
木头007(金币+1): 谢谢参与
|
|
6楼2014-09-29 09:38:37
★
木头007(金币+1): 谢谢参与
木头007(金币+1): 谢谢参与
|
|
7楼2014-09-29 09:42:57
★
木头007(金币+1): 谢谢参与
木头007(金币+1): 谢谢参与
|
|
8楼2014-09-29 09:51:17
★
木头007(金币+1): 谢谢参与
木头007(金币+1): 谢谢参与
|
|
9楼2014-09-29 09:58:58
★
木头007(金币+1): 谢谢参与
木头007(金币+1): 谢谢参与
| 7 |
10楼2014-09-29 10:01:41
100