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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » PCR相关 » 如何确定一对引物的退火温度？
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木啦啦

金虫 (正式写手)

[求助] 如何确定一对引物的退火温度？ 已有2人参与

例如，一对引物如下，计算退火温度时只考虑与模板同源的碱基部分，而不考虑酶切位点等其他碱基的影响吗？退火温度偏高可能会造成影响吗？
5‘：atGAATTCGAAGTCCAGCTGGTCCAGTCCGGAGG
3’：TActcgagTCAGGTCCTCTTAATTTCCACTTTAG
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1楼 2014-09-23 11:17:57
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木啦啦

金虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by shyh1983 at 2014-09-23 15:25:05
你设计的这对引物加上酶切位点和保护碱基，只要TM值不超过72℃都可以，具体实验时的退火温度以引物合成公司给出的TM值减去5即可。

因为没有拿到单子只能自己计算了。。。。如果是比较长的引物(50~100bp),计算引物Tm值时是考虑全引物还是引物上与模板同源的部分呢？
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4楼2014-10-11 10:43:30
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867575969

至尊木虫 (著名写手)

One Piece
★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流！ 2014-09-23 16:26:29
看其GC含量和比值，一般偏高点没多大问题
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有些东西因为得不到而变得美好，有些东西因为拥有而变得弥足珍贵！
2楼2014-09-23 12:01:04
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shyh1983

金虫 (小有名气)
★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流！ 2014-09-23 16:26:40
你设计的这对引物加上酶切位点和保护碱基，只要TM值不超过72℃都可以，具体实验时的退火温度以引物合成公司给出的TM值减去5即可。
赞一下(1人) 回复此楼
3楼2014-09-23 15:25:05
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