24小时热门版块排行榜    

查看: 2165  |  回复: 3
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

@漂洋过海@

金虫 (小有名气)

[求助] DS对接中蛋白质活性位点定义问题 已有3人参与

请教大牛,假如在PDB数据库下载的蛋白质上面有多个配体应该选择哪个配体去定义活性位点?如何选择?选择的原则是什么?谢谢!比如PDB-ID为4C20的蛋白质上面有多个配体,如何选择?
回复此楼
饭要一口一口的吃,路要一步一步的走!要想成功就要脚踏实地!
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

monsoncupid

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

一般使用实验方法,竞争同一个位点或者其它标记法,如果是对接的话可以每个活性位点都试试,看谁的能量最低,不过这样很不准,多数都是实验方法做,挺简单的
宅若久时天然呆,呆到深处自然萌
4楼2014-12-09 13:30:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 4 个回答

lrf1980

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
对接不能单纯为了学习对接而做对接。首先要问自己你想解决什么问题,这些问题是否有人曾经做过类似对接的工作。如果不能回答这个问题,就很难确定到底选择哪个活性位点。另外PDB中的蛋白质中的多个配体也不一定都是活性配体,很有可能是晶体结晶时为了帮助结晶加进去的一些小分子化合物或者像PEG类的化合物。另外bindingDB比pdb.org里的信息更准确,提供的是具有binding活性的配体。可以去bindingDB里面查查4c20的情况。
2楼2014-09-18 12:44:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

娃娃和淡蓝色

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

我也在找蛋白的活性位点,我是从文献上看来的,但文献上的多数不全而且每篇用的配体当作活性位点的都还不一样,不过好歹文献可以提供一个方向
3楼2014-12-05 13:13:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 化学调剂 +5 yzysaa 2026-03-21 5/250 2026-03-21 22:12 by peike
[考研] 一志愿西安交通大学材料工程专业 282分求调剂 +10 枫桥ZL 2026-03-18 12/600 2026-03-21 22:02 by peike
[考研] 354求调剂 +6 Tyoumou 2026-03-18 9/450 2026-03-21 20:47 by lbsjt
[考研] 化学工程321分求调剂 +18 大米饭! 2026-03-15 22/1100 2026-03-21 20:20 by HH领袖
[考研] 考研调剂 +3 呼呼?~+123456 2026-03-21 3/150 2026-03-21 20:04 by 无际的草原
[考研] 材料与化工(0856)304求B区调剂 +3 邱gl 2026-03-20 7/350 2026-03-21 19:05 by 15709483992
[考研] 306求0703调剂一志愿华中师范 +5 纸鱼ly 2026-03-21 5/250 2026-03-21 17:11 by 学员8dgXkO
[考研] 299求调剂 +4 某某某某位 2026-03-21 4/200 2026-03-21 16:30 by barlinike
[考研] 材料学学硕080502 337求调剂-一志愿华中科技大学 +4 顺顺顺mr 2026-03-18 5/250 2026-03-21 10:22 by luoyongfeng
[考研] 华东师范大学-071000生物学-293分-求调剂 +3 研究生何瑶明 2026-03-18 3/150 2026-03-21 01:30 by JourneyLucky
[考研] 南京大学化学376求调剂 +3 hisfailed 2026-03-19 6/300 2026-03-20 23:43 by hisfailed
[考研] 294求调剂材料与化工专硕 +15 陌の森林 2026-03-18 15/750 2026-03-20 23:28 by JourneyLucky
[考研] 一志愿中海洋材料工程专硕330分求调剂 +8 小材化本科 2026-03-18 8/400 2026-03-20 23:16 by JourneyLucky
[考研] 330求调剂 +4 小材化本科 2026-03-18 4/200 2026-03-20 23:13 by JourneyLucky
[考研] 323求调剂 +3 洼小桶 2026-03-18 3/150 2026-03-20 22:54 by JourneyLucky
[考研] 一志愿 西北大学 ,070300化学学硕,总分287,双非一本,求调剂。 +4 晨昏线与星海 2026-03-19 4/200 2026-03-20 22:15 by JourneyLucky
[考研] 290求调剂 +7 ^O^乜 2026-03-19 7/350 2026-03-20 21:43 by JourneyLucky
[考研] 求调剂 +3 暗涌afhb 2026-03-16 3/150 2026-03-20 00:28 by 河南大学校友
[考研] 286求调剂 +6 lemonzzn 2026-03-16 10/500 2026-03-19 14:31 by lemonzzn
[考研] 考研求调剂 +3 橘颂. 2026-03-17 4/200 2026-03-17 21:43 by 有只狸奴
信息提示
请填处理意见