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@漂洋过海@

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[求助] DS对接中蛋白质活性位点定义问题已有3人参与

请教大牛，假如在PDB数据库下载的蛋白质上面有多个配体应该选择哪个配体去定义活性位点？如何选择？选择的原则是什么？谢谢！比如PDB-ID为4C20的蛋白质上面有多个配体，如何选择？

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饭要一口一口的吃，路要一步一步的走！要想成功就要脚踏实地！

1楼 2014-09-18 10:24:24

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新虫 (小有名气)

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【答案】应助回帖

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对接不能单纯为了学习对接而做对接。首先要问自己你想解决什么问题，这些问题是否有人曾经做过类似对接的工作。如果不能回答这个问题，就很难确定到底选择哪个活性位点。另外PDB中的蛋白质中的多个配体也不一定都是活性配体，很有可能是晶体结晶时为了帮助结晶加进去的一些小分子化合物或者像PEG类的化合物。另外bindingDB比pdb.org里的信息更准确，提供的是具有binding活性的配体。可以去bindingDB里面查查4c20的情况。