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cyanobacter金虫 (小有名气)
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高通量数据做本地blast时，如何将97%以上的比对结果全部显示出来？ 已有3人参与
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各位虫友，我有一批16S的高通量数据，然后我现在想做一个本地blast，把我手上的一部分序列（isolate.fasta）与高通量数据进行blast，然后把所有高于97%的结果全部显示出来，请大家帮忙。 我是这样做的，首先用格式化本地数据库（即16S高通量数据515F-907R.format.fq.fasta），用的是formatdb命令 formatdb -i 515F-907R.format.fq.fasta -p F -t My database -o T 然后生成三个扩展名分别是：.pin、.psq、.phr的文件，然后就开始进行本地blast，用blastall命令 blastall -p blastn -i isolate.fasta -d 515F-907R.format.fq.fasta -o myresult.blastout -T T -e 1e-10 -m 9 这样运行出来会有一个所有isolate.fasta的序列与库序列比对的结果，但是每个比对结果只显示前250个，有些可能比到第250个相似性也是99%以上，就说说还有许多库序列与query的相似性高于97%，但是这部分就不显示出来了。 请问一下大家，可以用什么程序解决这个问题，可不可以设置一个97%的阈值，比对高于这个值得全部显示出来，低于97%的不显示。刚刚接触生物信息方面的工作，很多不太清楚，谢谢大家帮忙！ |
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5楼2014-08-30 08:26:49
cyanobacter
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3楼2014-08-29 22:19:20
liuderong
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wizardfan: 金币+2, 感谢应助 2014-08-30 06:32:26
cyanobacter: 金币+90, ★★★★★最佳答案, 太感谢了，问题解决了！ 2014-09-01 10:51:14
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楼主试一下-v参数吧！ -v参数和-b参数： 这两个参数都是限制输出结果的数量的。 -v (integer)：规定输出中每一个query的比对列表最多显示subject个数（即"Sequences producing significant alignments:"后面列出的subjects数目），缺省为500条。 -b (integer)：规定输出中每个query最多显示与多少条subject的比对条形图（即每条query的结果中">"的个数），缺省为250条。 如果同时使用"-m 8"参数，则输出结果中的subjects数量和"-b"参数规定的数量一致。 在database数据中能和query比上的subjects过多的时候，这两个参数就能够帮助我们把其中比对结果最好的一部分挑出来，屏蔽掉相对差的结果。当然有些时候我们是不希望屏蔽掉这些结果的，比如在某个大基因组的Contig数据集中统计一条转座子的重复次数，就需要把"-v"和"-b"参数定的足够大以显示所有结果。 |
4楼2014-08-29 23:52:41
