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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 综合其他 » 高通量数据做本地blast时，如何将97%以上的比对结果全部显示出来？
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cyanobacter

金虫 (小有名气)

[求助] 高通量数据做本地blast时，如何将97%以上的比对结果全部显示出来？ 已有3人参与

各位虫友，我有一批16S的高通量数据，然后我现在想做一个本地blast，把我手上的一部分序列（isolate.fasta）与高通量数据进行blast，然后把所有高于97%的结果全部显示出来，请大家帮忙。

我是这样做的，首先用格式化本地数据库（即16S高通量数据515F-907R.format.fq.fasta），用的是formatdb命令
                           formatdb -i 515F-907R.format.fq.fasta -p F -t My database -o T
                        然后生成三个扩展名分别是：.pin、.psq、.phr的文件，然后就开始进行本地blast，用blastall命令
                       blastall -p blastn -i isolate.fasta -d 515F-907R.format.fq.fasta -o myresult.blastout  -T T -e 1e-10 -m 9
                       这样运行出来会有一个所有isolate.fasta的序列与库序列比对的结果，但是每个比对结果只显示前250个，有些可能比到第250个相似性也是99%以上，就说说还有许多库序列与query的相似性高于97%，但是这部分就不显示出来了。
                       请问一下大家，可以用什么程序解决这个问题，可不可以设置一个97%的阈值，比对高于这个值得全部显示出来，低于97%的不显示。刚刚接触生物信息方面的工作，很多不太清楚，谢谢大家帮忙！
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1楼 2014-08-29 16:06:39
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liuderong

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ...
感谢参与，应助指数 +1
wizardfan: 金币+2, 感谢应助 2014-08-30 06:32:26
cyanobacter: 金币+90, ★★★★★最佳答案, 太感谢了，问题解决了！ 2014-09-01 10:51:14
楼主试一下-v参数吧！



-v参数和-b参数：

这两个参数都是限制输出结果的数量的。

-v (integer)：规定输出中每一个query的比对列表最多显示subject个数（即"Sequences producing significant alignments:"后面列出的subjects数目），缺省为500条。

-b (integer)：规定输出中每个query最多显示与多少条subject的比对条形图（即每条query的结果中">"的个数），缺省为250条。

如果同时使用"-m 8"参数，则输出结果中的subjects数量和"-b"参数规定的数量一致。

在database数据中能和query比上的subjects过多的时候，这两个参数就能够帮助我们把其中比对结果最好的一部分挑出来，屏蔽掉相对差的结果。当然有些时候我们是不希望屏蔽掉这些结果的，比如在某个大基因组的Contig数据集中统计一条转座子的重复次数，就需要把"-v"和"-b"参数定的足够大以显示所有结果。
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4楼2014-08-29 23:52:41
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cyanobacter

金虫 (小有名气)
为啥木有人
自己帮顶一下
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零下一度lj
2楼2014-08-29 22:15:34
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双螺旋DNA

金虫 (正式写手)
不懂，帮你顶顶，求大神帮解答
赞一下(1人) 回复此楼
3楼2014-08-29 22:19:20
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catinshen

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
cyanobacter: 金币+5, ★有帮助, 感谢帮助！ 2014-09-01 10:51:48
blast本身没法做这个筛选，只能对结果进行筛选。可以用shell指令，或者在excel中进行筛选。
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5楼2014-08-30 08:26:49
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