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zc_buct

新虫 (初入文坛)

应助: 0 (幼儿园)
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帖子: 5
在线: 5.2小时
虫号: 2833492
注册: 2013-11-28
专业: 金属材料表面科学与工程

[求助] 如何在MD动力学模拟过程中固定某些原子的坐标已有1人参与

想研究有机分子在金属表面的吸附，做了一个铁的超晶胞作为吸附表面，又做了一个水盒子，里面放了几个有机分子，将两个模型用built>layer组合在一起。用discover的dynamic进行模拟，但模拟后发现，铁原子偏离了其原来的位置，我想让铁原子在MD模拟的过程中固定不动，该怎么做呢？

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1楼 2014-08-22 17:40:05

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蛤蛤蛤额

禁虫 (小有名气)

本帖内容被屏蔽

3楼2019-08-26 17:20:18

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月只蓝

主管区长 (职业作家)

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注册: 2010-10-14
专业: 宇宙学
管辖: 计算模拟区

【答案】应助回帖

选择要固定的原子--MS面板--Modify--Constraints--Fix Cartesian position

MATLAB、MS小问题、普通问题请发帖求助！时间精力有限，恕不接受无偿私信求助。

2楼2014-09-02 16:00:40

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