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swach

铁虫 (小有名气)

[求助] 转化有菌落,挑菌转板扩大培养之后,菌落PCR没有条带 已有2人参与

转化之后有单菌落,挑单菌落到另一个板子上扩大培养,今天挑菌破壁之后,做菌落PCR,没有目的条带,全部是拖带。转化之后的板子上面单菌落有蓝白斑出现,不知道问题出在哪里?转化之后的单菌落长得很好,以为能成功的,同学最近也遇到了同样的问题。难道是转化之后的那些单菌落全都是氨苄失效长出来的杂菌吗?还是其实都是空载,只是蓝斑没有筛选出来。大前天倒得板子,在工作台里面放了两天,昨天转板,今天早上板子上出了转化的菌落,还出现了单菌落。是氨苄失效了吗?真的很急,希望大家给予意见!我的氨苄是七月四号配的,不会失效吧?
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luwei13566

木虫 (正式写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by swach at 2014-07-26 13:18:50
氨苄没有分装,但每次配的都不多,只配2毫升,存放在-20度冰箱里面。氨苄配的时候,没有过滤除菌。这应该没有影响吧?...

我实验室都是过滤的,不过其他实验室有不过滤的用着也没问题。
大家相互帮助哈
6楼2014-07-26 13:51:14
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usky_4

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
gyesang: 金币+4, 鼓励回帖交流! 2014-07-25 22:02:51
你的amp配制之后是放在哪儿?如果是室温有失效的危险,如果是-20度冰箱是没问题的,冰箱里可以放很久。至于你倒的板子,应该是放在4度冰箱里靠谱一些。

第一次单菌落蓝白斑出现后,可以直接就用白斑做菌落PCR的,没有必要挑担菌落到另一个板子上扩大培养。你挑得单菌落扩大培养出来的菌落和你挑得是同源,不管你从扩大培养的上面pcr多少个单菌落,都和pcr前面你挑的那个单菌落一样。假使你挑出来扩大培养的那个单菌落是假阳性的话,那么你后来再怎么做pcr也得不出目的条带的。

你说‘出现了单菌落’是指菌落很密集,但菌落很少么?如果满板子都是菌落,那么假阳性的可能性很大。如果你之前转化的菌液有存在4度冰箱,可以拿出少量来再涂板,蓝白斑筛选。试着减少涂板的菌液量,让板子菌落数减少,这样可以更容易挑担菌落。蓝白斑筛选后,直接挑一二十个做菌落pcr就好

最后就是,你的pcr用的引物可信么?是通用引物的话,可以同时挑蓝斑pcr作对照。如果不是的话,优化你的pcr方案,保证你的引物是工作正常的,
下次再见面的时候,我们一定会笑着相遇吧
2楼2014-07-25 20:03:47
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luwei13566

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
swach(西门吹雪170代发): 金币+3, 鼓励回帖交流 2014-07-26 17:01:10
1.氨苄在现在这个温度下放两天够呛啊。平板倒好了在超净台放半个小时凝固了平板口一封直接放4度了,怎么能在外面一直放,你配的那个氨苄是咋保存的啊,是不是分装了放-20度?
2.LZ你这个实验是怎么做的,你是在转化后涂布在平板上,长出来的转化子挑白斑在另一个板子上扎了个氨苄母板,之后用母版上的菌做的菌落PCR没条带,还拖尾?
你现在的问题是,菌落PCR的可靠性,氨苄的可靠性,和蓝白斑的阳性率。氨苄的可靠性最重要。
如果想彻底筛查的话,你最好先做个质粒快提,先看看你母版上的转化子有没有质粒,如果你的转化子连质粒都没有的话,氨苄重配,实验重来。一旦有质粒的话,如果你连的基因本身就很大直接大小就可以判断是否空载来,如果全是空载,那你就筛查一下第一步蓝白斑筛选,按理说肯定有假阳性,但是如果全是假阳性也是很不正常的,你的蓝白斑比例是多大啊?至于你的菌落PCR如果刚开始接触的话最好阳性对照和阴性对照都加上,再重复几次不要有大量拖带才行.
大家相互帮助哈
3楼2014-07-25 22:53:42
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swach

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by luwei13566 at 2014-07-25 22:53:42
1.氨苄在现在这个温度下放两天够呛啊。平板倒好了在超净台放半个小时凝固了平板口一封直接放4度了,怎么能在外面一直放,你配的那个氨苄是咋保存的啊,是不是分装了放-20度?
2.LZ你这个实验是怎么做的,你是在转化 ...

氨苄没有分装,但每次配的都不多,只配2毫升,存放在-20度冰箱里面。氨苄配的时候,没有过滤除菌。这应该没有影响吧?
4楼2014-07-26 13:18:50
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